Построение схемы переходов глобального выравнивания

В Excel-книге matrix.xls построена схема переходов глобального выравнивания для следующих 2-х последовательностей:

Последовательность первых 4-х остатков белка BioA_ECOLI.
Последовательность из 5 букв, полученную следующим образом: в последовательность первых 4-х остатков белка BioA_ECOLI внесены две любые замены и в произвольном месте вставлена дополнительная буква.

Оптимальный путь выделен цветом. Параметры для построения схемы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = –1, штраф за гэп = –2.

Протокол занятия находится в файле protocol.txt.

Получившееся виравнивание:

MTTD-
GTADH
.+.+-

Общий вес выравнивания равен сумме значений таблицы (matrix.xls) по пути выравнивания, в моём случае -1, что совпадает весом, высчитываемым обычным образом.