Второй семестр

Тема второго семестра "Cравнение биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей"

Целью стоит научиться работать с банками аминокислотных последовательностей, а также производными базами данных о белковых семействах и мотивах в аминокислотных последовательностях, Научиться сравнивать аминокислотные последовательности и оценивать степень их сходства. Начинается обсуждение эволюции белков и происходит первое знакомство с филогенетическими деревьями..

Блок 1: Общие принципы сравнения последовательностей

• Белок BioA_ECOLI в банках Swiss-Prot и TrEMBL
• Работа с системой SRS
• Выравнивание вручную
• Матрицы замен

Блок 2: Выравнивание последовательностей

• Матрица переходов глобального выравнивания
• Программы построения выравниваний
• Работа с программой BLAST

Блок 3: Семейства белков

• Сравнение множественных выравниваний
• Паттерны и банк PROSITE
  • Поиск по паттерну в банке Swiss-Prot
  • Мотивы в белке BioA_ECOLI, описанные в БД Prosite
• Семейства белковых доменов. Pfam и InterPro
  • Pfam
  • InterPro
• Psi-Blast
• Введение в филогенетические деревья