Определение паралогов и ортологов в семействе глобинов.
Помимо исходной группы ортологов, возможно выделить три группы ортологов (на рисунке отмечены синим, зеленым и сиреневым). Сиреневая группа ортологов содержит два куриных гена (отмечены красным), которые скорее являются паралогами. На рисунке также отмечены гены (отмечены синим), принадлежность которых невозможно определить по данному дереву.
Сравнение филогенетического дерева ортологичных глутаминсинтетаз и таксономии организмов
Бактерии (отмечены синим) могут быть легко разделены на более мелкие систематические группы. Верхняя отвечает Proteobacteria, нижняя – Firmicutes, а Thermotoga относится к отдельной группе Thermotogae.
Из рисунка видно, что археи расположены беспорядочно по ветвям дерева. Объяснением это может послужить тот факт, что для архей пока не четко установлена таксономия. Члены их таксономической группы находятся на большом расстоянии друг от друга, поэтому их гены находятся беспорядочно на ветвях эволюционного дерева. То, что археи разбросаны по всему дереву может быть связано с их древним происхождением и высоким разнообразием. Удивительно отсутствие разделения между надцарствами. Т. к. дерево строилось на основе последовательности белков, то можно предположить, что это результат горизонтального переноса генов между таксонами.