Работа с файлом 1KQF.PDB
С помощью БД PDBSum была получена карта Рамачандрана исследуемой структуры:
В предпочтительные области попало 88,8% остатков, что говорит нам о том, что большей частью структура белка правильна, но есть изъяны. Есть четыре остатка, отмеченных красным цветом, что может говорить об их ложности. Все они относятся к одной и той же цепи - А.
191 остаток имеет большой Z-score по RSR: 10 - А цепь, 35 - В цепь и 146 - С цепь.
Рассмотрим остаток 329 цепи А:
RSR=0.3
Z=2.8925
real-space correlation coefficient = 0.722
В качестве изучаемого белка был выбран: 2fe3.
R-values etc. From PDB header Calculated from data After re-refinement R 0.1720 0.1704 0.1737 R-free 0.2290 0.2224 0.2138 ?R-free 0.0040 0.0038 R-free Z-score -4.75 -1.68
WHAT_CHECK validation Original structure re-refined structure 1st generation packing quality1 0.734 0.721 2nd generation packing quality1 -0.221 -0.231 Ramachandran plot appearance1 1.723 1.888 Chi-1/Chi2 rotamer normality1 0.204 0.535 Backbone conformation1 1.603 1.573 Bond length RMS Z-score2 0.536 0.439 Bond angle RMS Z-score2 0.717 0.680 Total number of bumps3 33 27 Рассмотрим, какие показатели улучшились после оптимизации: свободный R-фактор, Z-фактора,Z-score расстояний валентных связей и валентных углов. Также уменьшилось общее количество конфликтных мест.
В то же время ухудшились: R-фактор и больше стало остатков попадать в не допустимую область.
По общей совокупности получается, что структура молекулы исследуемого белка после оптимизации действительно улучшилась.
Работа с файлом 1KQF.PDB
Рассмотрим оптимизированную структуру белка 2fe3.pdb. А именно поведение 79 остатка В цепи (он имеет RSR=0.508).
Для этого была скачана оптимизированная структура.
Как видно из приведённого изображения, сильно конформация исследованного остатка не изменилась - молекула расположена в оптимизированной структуре со сдвигом.
Подобная ситуация произошла со многими остатками. Возможно, такое небольшое смещение каждого остатка (не относительно одной точки) и дало возможность получить улучшенную модель.
Из этого файла можно узнать:
- какие внутренние особенности могли повлиять на структуру: лиганды, взаимодействия цепей и т.д.;
- какие остатки в процессе создания "чистовой" модели были выброшены из рассмотрения и почему;
- информация о "потерянных" атомах (как в середине цепи, так и с концов);
- конфликтные валентности атомов;
- влияние температурного фактора на остатки;
- какие атомы изменили свои имена в процессе оптимизации;
- геометрические изменения;
- результаты проверки торсионных углов;
- а также различные изменения в упаковке молекулы.
