Задание 7 (выполнено Борисовой Мариной)

Задача: изучить PDB файл и биологические единицы в заданной структуре .

I. Работа с файлом 1KQF.PDB

1. Выяснить и привести в отчёте технические характеристики

Разрешение 1.60 А

Число рефлексов 342711

Полнота 94.9%

R-фактор 0.177 раб.ед.

Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления 0.195; 1.000%

Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...) P 21 3

Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки) 203.000, 203.000, 203.000

Ортогональны ли базисные периоды? да

Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)? нет

Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? Если нет, то в чём разница? нет, биологическая единица представляет из себя тример, состоящий из ассиметрических единиц

Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? Если да, то приведите пример.

O   HOH B1029 0.33

O   HOH C 593 0.33

O   HOH C1732 0.33

2. Вычислить относительные координаты одного из С?-атомов своего белка.

Даны следующие данные:
Выбранный атом:

ATOM 264 CA ALA A 68 6.032 82.019 132.345

Матрица и вектор для вычисления относительных координат атома:

SCALE1 0.004926 0.000000 0.000000 0.00000
SCALE2 0.000000 0.004926 0.000000 0.00000
SCALE3 0.000000 0.000000 0.004926 0.00000

Вычисление:

x = (6.032*0.004926 + 6.032*0 + 6.032*0) + 0= 0,0297136

y = (82.019*0.004926 + 82.019*0 + 82.019*0) + 0 = 0,404025

z = ( 132.345*0.004926 +132.345*0 + 132.345*0) + 0 = 0,651931

Выбранный атом имеет следующие относительные координаты: ( 0,0297136; 0,404025; 0,651931).

I. Работа с файлом 1JFS.PDB

Как видно из этих изображений ассиметрической единицы и биологической, мы не сможем правильно оценить взаимодействие белка с молекулой ДНК, которая тоже не целиком отображена), если будем анализировать только ассиметрическую единицу.