1. Описание биополимеров из данного файла.
| полимер | описание |
| ДНК | цепь E, STE6 operator DNA |
| ДНК | цепь F, STE 6 operator DNA |
| белок | цепи A и B, MCM1 transcriptional regulator |
| белок | цепи C и D, MAT alpha-2 transcriptional repressor |
2. Изучение водородных связи цепи D в пределах ассиметрической единицы. В PyMol были получены следующие изображения взаимодействующих молекул:
а) цепь D в остовной (ribbon или cartoon) модели;
б) обе цепи ДНК в остовной модели;
в) цепь белка, связанная с цепью D, в остовной модели; цвет другой цепи должен отличаться от цвета цепи D;
г) в проволочной (lines) модели – все (аминокислотные и нуклеотидные) остатки, связанные водородными связями с цепью D, и все остатки цепи D, связанные с другими цепями
Из этих взаимодействий видно, что альфа-спирали цепи А и D взаимодействуют с большой бороздкой ДНК. А также взаимодействуют между собой и сами белки (в местах взаимодействия с ДНК - большая и малая бороздки).
3. Изучение связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы.
а) связь цепи D с ДНК, как содержащейся в той же ассиметрической единице, так и восстанавливаемой по симметрии кристалла
Восстановленная молекула ДНК, является как бы продолжением ДНК, находящейся в той же ассиметричной единице. Альфа-спираль цепи захватывает две единице при взаимодействии.
б) связь цепи D с белками из других образов ассиметрической единицы
С правой восстановленной единицей цепи взаимодействуют бета-тяжами. С левой отдельными остатками.
