Задание 3 (выполнено Борисовой Мариной)

Задача: ознакомиться с работой PyMol и построить изображение молекулы с электронными плотностями.

I. Работа с записью 2B5A банка PDB.

Для данной записи получили файл с электронной плостностью. В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации. С помощью PyMol были получены изображение, на котором были бы видны обе конформации глутамина 21 цепи C и поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этого остатка. И тоже самое для одного из других трёх глутаминов.

С двумя альтернативными конформациями: Глутамин с одной конформацией (цепь А):

Из сравнения электронных плотностей можно заметить, что у глутамина электронная плотность между атомами CG и CD очень низкая. Причём в случае конформации соответствующей нижнему варианту из двух альтернативных даже ниже 0.5.

II. Работа со своей струтурой: 1KQF.PDB

Изображение остатка пролина-790 цепи А, белый - уровень 2, оранжевый - уровень 1.

 


    © 2010 Borisova Marina