Задание 3 (выполнено Борисовой Мариной)

Цель:научиться работать с нуклеиновыми кислотами в редакторе RasWin и сравнить 3 формы ДНК.

Работа с файлами: последовательностью gcat.

I. Найти большие и малые бороздки.

Обозначения атомов: красные - большая бороздка, синие - малая бороздка, чёрные - остальные.

Атомы в аденине ДНК В-формы:

  • В сторону большой бороздки обращены атомы: a29.n1, a29.c5, a29.c6, a29.n6, a29.n7, a29.c2*, a29.o1p, a29.o2p.
  • В сторону малой бороздки обращены атомы: a29.c2, a29.n3, a29.c1*, a29.o4*, a29.o3*.
  • Остальные атомы основания: a29.c4, a29.c8, a29.c9, a29.c3*, a29.c4*, a29.05*, a29.p.

Атомы в аденине ДНК А-формы:

  • В сторону большой бороздки обращены атомы:a29.p, a29.o2p, a29.01p, a29.03p.
  • В сторону малой бороздки обращены атомы: a29.N1, a29.C2, a29.N3, a29.C4, a29.C5, a29.C6, a29.N6, a29.N7, a29.C8, a29.N9, a29.C1*.
  • Остальные атомы основания: a29.c2*, a29.c3*, a29.03*, a29.c4*, a29.c5*.

Атомы в аденине ДНК Z-формы:

  • В сторону большой бороздки обращены атомы:a29.p, a29.o1p, a29.02p.
  • В сторону малой бороздки обращены атомы:a29.N1, a29.C2, a29.N3, a29.C4, a29.C5, a29.C6, a29.N6, a29.N7, a29.C8, a29.N9, a29.C1*, a29.c2*, a29.05*.
  • Остальные атомы основания: a29.c3*, a29.03*, a29.c4*, a29.c5*, a29.03p.

II. Сравнить основные спиральные параметры ДНК 3х форм.

A-форма

B-форма

*Z-форма

Тип спирали (правая или левая)

правая

правая

левая

Шаг спирали (A)

28,03

33,75

43,50

Число оснований на виток

12

10

12

Ширина большой бороздки

7,98 (от 14)

20,58 (от 4-го)

14,37 (от 9-го)

Ширина малой бороздки

18,49 (от 25)

13,20 (от 9-го)

23,51 (от 2-го)

 

III. Сравнить торсионные углы в А- и В-формах.

Торсионные углы для аденина Р-О5' O5'-C5' C5'-C4' C4'-C3' C3'-O3' O3'-P C1'-N
А-форма (Презентация) -62 173 52 88 или 3 178 -50 -160
А-форма -51,68 174,79 41,72 79,07 -147,83 -75,08

-157,21
B-форма (Презентация) -63 171 54 123 или 131 155 -90 -117
B-форма -29,91 136,33 31,16 143,34 -140,78 -160,49 -98,03

© 2010-11 Borisova Marina