Задание 8 (выполнено Борисовой Мариной)

Множественное выравнивание последовательностей.

Задача:

I. Ознакомление с программой Muscle

В БД SRS были найдены последовательности дельта-антигенов из вирусов рода Deltavirus.

Запрос: ([swissprot-Taxonomy:Deltavirus*] & [swissprot-Description:delta*]).

Файл с найденными последовательностями: delta.fasta
Было сделанно выравнивание этих последовательностей вручную.
Затем, выравнивание с помощью программы muscle.

Картинка-сравнение выравниваний.

Выравнивания большей частью получились идентичны.

II. Выравнивание набора гомологов своего белка

Выдача BLASTP:

Было выбрано 8 белков (в том числе исследуемый). С помощью BLASTP были также получены последовательности выбранных белков в fasta формате. И с помощью muscle они были выравнены. После чего импортированы в GenDoc и изучены.

В полученном выравнии есть 4 крупных участка с повышенной долей консервативных позиций (позиции в общем выравнивании/позиции в изучаемом белке): 268-237/48-302, 602-707/367-475, 750-827/518-593, 846-894/614-660.

Скорее всего не имеют биологического смысле концевые фрагменты (позиции в общем выравнивании/позиции в изучаемом белке): 1-268/1-48, 1286-1495/1015. А также большой некосерватиный фрагмент: 895-1133/661-887.

По картинке выравнивания видно, что белки очень далёкие гомологи. Очень мало консервативных участков, а те, которые чем-то напоминают консервативные - относительно длинны всего выравнивания очень - короткие. И, действительно, большая часть белков из других организмов и выполняют немного другие фукнции.