1. Смена активной директории и просмотр содержимого директорий.
2. Создание и просмотр файлов.
- Выполним команду
seqret sw:p24183 -auto
После этого выполним команду "ls" и убедимся, что в директории появился новый файл. Выполним команду "more fdng_ecoli.fasta". И увидим содержимое этого файла: последовательность нашего белка.
- Выполним команду
entret sw:p24183 -auto
Выполним команду "ls" и убедимся, что в директории появился новый файл. Выполним команду "more fdng_ecoli.entret". Снова увидели содержимое созданного файла: полная информация о нашем белке базы Swiss-Prot.
3. Некоторые способы облегчения работы в командной строке.
- Понажимаем клавиши "стрелка верх" и "стрелка вниз".
очень удобное возвращение к командам, которые когда-либо были использованы.
- Выполним команду "history".
выдаётся полная информация о командах, которые когда-либо использовались.
II. Построить и сравнить оптимальное глобальное и оптимальное локальное выравнивание 2-х последовательностей
Заданный белок: P24183.
Близкородственный белок: P06131.
1. Построить полное (глобальное) оптимальное выравнивание с помощью программы needle пакета EMBOSS
Построим полное оптимальное выравнивание двух белков. Для этого выполните команду:
needle fdng_ecoli.fasta fdha_metfo.fasta E_M.needle -auto
Полученный файл содержит полную информацию о параметрах выравнивании и о начальных данных и сами выравненные последовательности.
Если увеличивать значения в двое (файл). Мы повышаем штрафы за гэпы, что и отражается на выравнивании: количество гэпов становится меньше, что приводит к уменьшению длины выравнивания.
Был получен файл с параметрами по умолчанию пригодный для импорта в GenDoc.
2. Построить локальное (частичное) оптимальное выравнивание тех же последовательностей с помощью программы water пакета EMBOSS
Построим выравнивание двух белков с помощью water. Для этого выполните команду:
water fdng_ecoli.fasta fdha_metfo.fasta E_M.water -auto
Выдача этой команды очень похожа на выдачу комманды needle.
Если увеличивать значения в двое (файл).Мы повышаем штрафы за гэпы, что и отражается на выравнивании: количество гэпов становится меньше, что приводит к сильному уменьшению длины выравнивания (примерно на 250). Одновременно с этим увеличивается сходство и идентичность выравниваний.
Был получен файл пригодный для импорта в GenDoc.
Если изменять параметры (уменьшать в 2 раза), мы уменьшаем штрафы за гэпы - файл. Наблюдаем обратное увеличению в 2 раза.
3. Сравнение полученных выравниваний
- есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
, где сверху - глобальное выравнивание с параметрами по умолчанию, внизу - увеличенные вдвое.
- есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
Есть. Пример приведён из файлов: E_M2.water и E_M3.water.
- есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
, где сверху - глобальное выравнивание с параметрами по умолчанию, внизу - увеличенные вдвое.
- есть ли хотя бы один пример того, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
Есть. Пример приведён из файлов: E_M2.water и E_M3.water.
- соответствуют ли оптимальные локальные выравнивания, построенными с использованием разных параметров, одним и тем же фрагментам последовательностей?
НЕТ, примеры приведены выше.
- совпадают ли локальные выравнивания с соответствующими частями глобальных выравниваний?
Совпадают выравнивания те, для которых были использованы одинаковые параметры. С разными параметрами выравнивания отличаются.
© 2010 Borisova Marina
