Задание 4 (выполнено Борисовой Мариной)

Пробные выравнивания

Задача: научиться вручную выравнивать последовательности в GenDoc.

I. Определить положение фрагмента в полной последовательности

Заданный фрагмент соответствует позициям 61-97 в полной последовательности белка FDNG_Ecoli.

Был получен файл с выравниванием. И изображение:

II. Построить "наилучшее" выравнивание вручную

• исходные длины 2-х заданных фрагментов

  37 и 39

• длину выравнивания (число колонок)

  45

• вес выравнивания

  W=M – nG (где M — число совпавших букв, G — штраф за пропуск, равен 2, n — общее число пропусков).

  W = 20 - 2 * 1 = 18.

• процент идентичности двух выровненных последовательностей (отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100).

  20/45 * 100 = 44

• изображение

  

III. Найти первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о.

• № первой позиции выравнивания, в которой мы наблюдаем близкородственную замену а.о

  1

• полные названия и однобуквенные обозначения поменявшихся а.о

  лейцин (L, leucine) и метионин (M, methionine)

• вес такой замены в соответствии с использованной матрицей

  2

• комментарий, в котором попробуйте интерпретировать наблюдаемое с точки зрения физико-химических свойств а.о

  Они обладают общим физико-химическим свойством - они неполярны, но из-за различия в атомном составе эта пара имеет 2.

© 2010 Borisova Marina