Задание 1 (выполнено Борисовой Мариной)

Задача: познакомиться с базой данных UniProt.

I. Получим из банка UniProt документ, содержащий информацию о FDNG_ECOLI (P24183).

II. Заполним следующую таблицу:

Метка поля Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number")  AC  P24183; P78261;
Идентификатор записи в БД  ID  FDNG_ECOLI
Название (краткое описание) белка  DE  FDH-N subunit alpha
Дата создания документа  DT  01-MAR-1992
Дата последнего исправления аннотации  DT  05-OCT-2010
Число публикаций, использованных при создании документа  RN  6
Журнал и год самой поздней публикации  RL  J. Biol. Chem. 282:8309-8316(2007)
Ключевые слова  KW  3D-structure; 4Fe-4S; Complete proteome; Iron; Iron-sulfur; Metal-binding; Molybdenum; NAD; Oxidoreductase; Periplasm;Selenocysteine; Signal
Что содержит поле комментариев?  CC

-!- ФУНКЦИЯ: благодаря формиат дегидрогеназе E.coli может использовать формиат, как основной элетронный донор во в анаэробных условиях, при использовании в качестве акцептора нитрата. Предположительно альфа субъединица является активным центром.
-!- КАТАЛИТИЧЕСКАЯ АКТИВНОСТЬ: Формиат + НАД(+) = CO(2) + НАДН.
-!- КОФАКТОР: связывает один ион молибдена на субъединицу.
-!- КОФАКТОР: связывает 2 группы динуклеотидгуанина молибдоптерина на субъединицу.
-!- КОФАКТОР: связывает 1 4Fe-4S кластер на субъединицу.
-!- СУБЪЕДИНИЦА: гетеротримерн, состоящий из альфа, бета и гаммы субъединицы.
-!- ВНУТРИКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ: периплазма.
-!- АКТИВАЦИЯ: нитратом в анаэробных условиях.
-!- PTM: экспортируется через Tat систему. Местонахождение сигнального пептида экспериментально обнаружено не было.
-!- СХОДСТВО: принадлежит к семейству прокариотических молибдоптерин содержащих оксидоредуктаз.

-----------------------------------------------------

Авторские права принадлежат UniProt Consortium, http://www.uniprot.org/terms
Распространитель Creative Commons Attribution-NoDerivs License
Идентификаторы записей PDB  DR  1KQF; 1KQG

III. Ответы на вопрос из списка:

Какие неорганические вещества необходимы для индукции (приведения в активное состояние) и полноценного функционирования Вашего белка?

Для активации и полноценного функционирования моего белка необходим нитрат.

IV. Пользуясь поиском на сайте UniProt, определим, сколько записей в UniProt описывает белки примерно с тем же описанием (DE), что и заданный белок, результаты приведём в виде таблицы:

Запрос  Число записей
в SwissProt		 Число записей
в TrEMBL
 Formate dehydrogenase  333  7269
 nitrate-inducible  12  183
 EC=1.2.1.2  36  1671

V. Просмотрим список записей UniProt, содержащих информацию о тех белках, чье описание близко описанию вашего белка. Заполним следующую таблицу, в левую колонку (Белок 1) внеся сведения о вашем белке (P24183), а в правую (Белок 2) — о выбранном Вами белке (Q934F5).

Метка поля Белок 1 Белок 2
Первый код доступа  AC    
Идентификатор последовательности в БД  ID  
FDNG_ECOLI
  
FDHA_DESGI
Название (краткое описание) белка  DE  
FDH-N subunit alpha
  
FDH subunit alpha
Дата создания документа  DT  
01-MAR-1992
  
19-JUL-2004
Дата последнего исправления аннотации  DT  
05-OCT-2010
  
10-AUG-2010
Название организма  OS  
Escherichia coli (strain K12)
Desulfovibrio gigas
Классификация организма (список таксонов)  OC  
Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia
  
Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Desulfovibrionales; Desulfovibrionaceae; Desulfovibrio
Длина последовательности  SQ  
1015
 
1012
Молекулярная масса белка  SQ  
112963
 
113271
Число публикаций, использованных при создании документа  RN  
6
4
Журнал и год самой поздней публикации  RL  
Science 295:1863-1868(2002)
  
J. Biol. Inorg. Chem. 6:398-404(2001)
Описание вторичной структуры  FT  
есть: указаны бета-тяжи и альфа-спирали, и повороты.
 
есть: указаны бета-тяжи и альфа спирали, и повороты.
Ключевые слова  KW  
3D-structure; 4Fe-4S; Complete proteome; Iron; Iron-sulfur; Metal-binding; Molybdenum; NAD; Oxidoreductase; Periplasm;Selenocysteine; Signal
  
3D-structure; 4Fe-4S; Calcium; Disulfide bond; Electron transport; Iron; Iron-sulfur; Metal-binding; Molybdenum; NAD; Oxidoreductase; Periplasm; Selenocysteine; Signal; Transport; Tungsten
Темы, освещённые в комментариях  CC  
фукнции, каталитическая активность, кофакторы, локализация, активация, субъединицы, PTM, сходство, авторские права
 
функции, каталитическая активность, кофакторы, биохимические свойства, субъединицы, локализация, PTM, сходство, авторские права.
Особенности последовательности  FT  
в начале есть сигнальная последовательность, 5 гетероатомов, есть селеноцистеит, 3 конфликтных места.
 
в начале есть сигнальная последовательность, 5 гетероатомов, есть десульфид, есть селеноцистеин.
Идентификаторы записей PDB  DR   
1KQF; 1KQG
  
1H0H

Информация о белка в БД UniProt очень похожи (функционально и по структуре). Но у Белка 1 есть две записи, как в UniProt, так и в PDB. Белок один немного длинее и имеет на 2 публикации больше, и он был намного раньше (примерно на 10 лет) опубликован. А также эти белки принадлежат разным организмам.

    © 2010 Borisova Marina