Задание 11 (выполнено Борисовой Мариной)

Задача: ознакомиться со структурой PDB файла и возможностями программы RasMol.

Заданный PDB файл: 1KQF.

I. Анализ содержимого файла:

HEADER    OXIDOREDUCTASE                          05-JAN-02   1KQF
TITLE           FORMATE DEHYDROGENASE N FROM E. COLI

В HEADER указана основная функция описываемого белка, далее дата записи и имя. В TITLE полное название белка и организм, из которого описываемый белок.

В поле COMPND описывается полностью молекула: цепи, функции, называния субъединиц.

Из HETNAM, FORMUL и HET можно узнать какой именно лиганд (гетероатом) и координаты его положения в молекуле, с какой молекулой связан и в какой цепи.

II. Начало работы с RasMol:

  нажата левая клавиша мышки нажата правая клавиша мышки
веду вверх-вниз молекула вращается по оси, идущей сверху вниз молекула перемещается вверх-вниз экрана
веду вправо-влево молекула вращается по оси, идущей справа налево молекула перемещается вверх-вниз экрана
с shift вверх-вниз приближается-удаляется -
с shift вправо-влево - молекула вращается по оси перпендикулярной экрану

Команды меню Display изменяют графическое представление молекулы (линии, палочки, шары...) .

III. Использование команд для настройки изображения.

IV. Создание изображения отдельной цепи: ChainC.gif

V. Создание файла с описание компоненты структуры.

Компоненты структуры, описанной в документе PDB 1KQF

Заголовок структуры: OXIDOREDUCTASE

Название структуры: FORMATE DEHYDROGENASE N FROM E. COLI

В документе представлены следующие цепи макромолекул: Chain A, Chain B, Chain C.

Идентификатор цепи

Число остатков

Название молекулы

Комментарии

1015

  FORMATE DEHYDROGENASE-N ALPHA SUBUNIT

перевод: Н-дегидрогеназа формиата, альфа субъед. 

B

294

  FORMATE DEHYDROGENASE-N BETA SUBUNIT

  перевод: Н-дегидрогеназа формиата, бета субъед. 

C 217 FORMATE DEHYDROGENASE-N GAMMA SUBUNIT перевод: Н-дегидрогеназа формиата, гамма субъед. 

 

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:

ID

Название

Формула

Число копий

Комментарии

  CSE

  SELENOCYSTEINE

  C3 H7 N O2 SE

 

  6MO

  MOLYBDENUM(VI) ION

  MO 6+

 
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER FE4 S4 5  
MGD 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-
HETNAM OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE
HETNAM DINUCLEOTIDE
C20 H26 N10 O13 P2 S2 2  
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE C34 H32 FE N4 O4 2  
CDL CARDIOLIPIN C81 H156 O17 P2 2- 1  

 


    © 2010 Borisova Marina