Множественное выравнивание


На главную Назад
    1. Провели поиск вирусных белков (дельта-антигенов) в SRS, всего найдено 34 записи. Файл, содержащий последовательности белков в fasta формате Delta Невыровненные последовательности в GenDoc выглядят следующим образом:


    Спомощью программы Muscle выполнили множественное выравнивание данных последовательностей:

    Можно заметить, что последовательности очень похожи между собой (33 столбца с консервативными остатками) и после выравнивания таких столбцов стало еще больше (117 столбцов). Концы последовательностей (начиная с 197 позиции) отличаются друг от друга причем можно заметить, что у некоторых белков концы одинаковые, т.е. возможно эти "группы" белков, определенную биологическую функцию, присущую только им.
  1. Выбранные гомологичные белку PYRC_ECOLI последовательности
    2. Аминокислотные последовательности белков находятся в файле all.fasta
  2. Выравнивание с помощью программы emma
    3. Результат проведения множественного выравнивания спомощью программы emma находится в файле emma.fasta.
  3. Выравнивание с помощью программы muscle
    4. Результат проведения множественного выравнивания спомощью программы muscle находится в файле muscle.fasta.
    Раскрашенное спомощью GeneDoc выравнивание можно посмотреть в файле emma.GIF

    Выравнивание имеют 129 консервативных колонок, участки повышенной консервативности есть: позиции 12-22(соответствуют 12-22) а.о. моего белка), 39-51 (39-51 а.о), 134-143 (134-143 а.о.) и 214-228 (214-228). 247-255

  4. Матрица попарного совпадения последовательностей, получена на основе множественного выравнивания с помощью программы GeneDoc
    5. Матрица попарного совпадения последовательностей, полученная врезультате множественного выравнивания находится в файле report.txt
  5. Сравнение 2-х множественных выравниваний
    6. "Раскрашенное" выравнивание можно просмотреть здесь
    Цветом были выделены только самые консервативные колонки выравнивания, консервативные на 100% - красным, а на 70% - темно-голубым
  6. Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей PYRC_ECOLI и PYRC_HAHCH с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием
    7. На основании данных матрицы попарной идентичности последовательностей выбраны две наименее похожие друг на друга последовательности из выборки - PYRC_HAHCH и PYRC_ECOLI (55% идентичности). Выравнивания очень схожи, гэпы имеются только в начале выравнивания белка PYRC_HAHCH (4 гэпа) и по 1 гэпу в конце этих же выравниваний. Выравнивание, полученное спомощью программы muscle даёт на 1 консервативную позицию больше, из чего я делаю вывод, что выравнивание с помощью muscle более эффективное. Всего 195 колонок на 100% консервативны. Раскрашенное выравнивание можно просмотреть здесь
©Базылев Сергей, 2007