Самостоятельная работа

Задача:определить, где на заданном фрагменте закодированы белки, похожие на белки из Bacillus subtilis.
Данный фрагмент - AAGY02000001, начало 1, конец 7000.

Получим полный протеом бактерии Bacillus subtilis, выполним команду seqret 'sw:*_BACSU'. Получим файл bacsu.fasta
Получим заданный участок, для этого спомощью команды seqret -sask выбирая соответствующий начало и конец последовательности (1-7000).
врезультате получим файл aa.fasta.
Используя getorf извлекаем из фрагмента генома трансляции всех открытых рамок считывания
длинной не менее 240 нуклеотидов.Для этого введем команду: getorf -sequence aa.fasta -minsize 240 -table 11 -find 1 -outseq aaorf.orf
на выходе получим файл aaorf.orf, параметр -table 11 (Bacterial),означает поиск по бактериям
-minsize 240 - минимальная длинна 240 нуклеотидов).
Для дальнейшего поиска по геному бактерии, создадим индексные файлы генома.
Для этого введем: formatdb -i bacsu.fasta -p F -n bs
Можем проводить поиск для этого:
```
makeblastdb –in bacsu.fasta –dbtype prot –out bacsu
          blastp –query aaorf.orf –db bacsu –evalue 0.001 –task blastp –out blastp1 –outfmt 7
```
на выходе получим файл blastp1 в котором содержатся наши находки
Занесем результаты в таблицу credit

Гипотетические гены во фрагменте записи AAGY02000001 (1-7000)

3' -[<=RECA_BASCU 76-1239]--[<=CINA_BACSU 1297-2250]-[<=LYAT_BACSU 2638-3651]-[<=YYAR_BACSU 3662-4177]-[<=YDIB_BASCU 4170-4610]----5'

5' --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------3'

Положение гипотетических генов в геноме

Найдем в записи embl соответствующие координаты для полученных генов:
ydiB 641654..642130
yyaR 4185160..4185681 complement
cinA 1763222..1764472
recA 1764645..1765691
lytR 3663281..3664201

3'-------[<=YYAR_BACSU 4185160..4185681]----------------------------------------------------------------------------------------------------------5'

5'---[=>YDIB_BASCU 641654..642130]------[=>CINA_BACSU 1763222..1764472]-[=>RECA_BASCU 1764645..1765691]----------[=>LYAT_BACSU 3663281..3664201]--3'

Сразу бросается в глаза направления - для фрагмента Streptococcus pneumoniae характерно обратное направление, для генома Bacillus subtilis - прямое (исключение YYAR_BACSU), скорее всего различия возникли из-за того, что при исследовании геномов, "базовое" направление задавалось разное, т.о. я считаю, что только YYAR_BACSU перепрыгнул на другую цепь.. Расположение генов сильно отличается, интервалы между генами B.subtilis и S.pneumoniae заметно отличаются. Во фрагменте сенной палочки расположение генов довольно плотное посравнению с геномом B.subtilis - максимальный интервал составляет 387 п.о. между CINA_BASCU и LYAT_BACSU. Перекрывание присутствует во фрагменте: между YYAR_BASCU и YDIB_BASCU, составляет 8 п.о. (возможно ошибка blast'a)