A- и В-, -Z формы ДНК.

На главную Назад

Выделение атомов и химических группировок, используя предопределенные множества RasMol.
Спомощью программы fiber были получены А-, В- и Z- форма ДНК дуплекса, последовательность нити которого представляет 5 раз повторенный фрагмент GATC.
Ниже приведены структуры форм:
изображение А- формы ДНК дуплекса:
1) А- форма, в которой выделен сахарофосфатный остов можно посмотреть здесь
2) А- форма, в которой выделены атомы аденинов можно посмотреть здесь (атомы аденинов выделены зеленым цветом)
3) А- форма, в которой выделены N7 атомы всех гуанинов можно посмотреть здесь (N7 атомы выделены зеленым)
изображение B- формы ДНК дуплекса:
1) B- форма, в которой выделен сахарофосфатный остов можно посмотреть здесь
2) B- форма, в которой выделены атомы аденинов можно посмотреть здесь (атомы аденинов выделены зеленым цветом)
3) B- форма, в которой выделены N7 атомы всех гуанинов можно посмотреть здесь (N7 атомы выделены зеленым)
изображение Z- формы ДНК дуплекса:
1) Z- форма, в которой выделен сахарофосфатный остов можно посмотреть здесь
2) атомы аденина в Z- форме не найдены
3) Z- форма, в которой выделены N7 атомы всех гуанинов можно посмотреть здесь (N7 атомы выделены зеленым)

На сайте PDB, получили соответствующие записи для тРНК с идентификатором PDB 1n77 и для ДНК-белкового комплекса с идентификатором 1a02
В соответствующих записях ДНК или тРНК разрывов нет.

Положение атомов в различных формах.
В сторону большой бороздки ориентированы атомы: N9(94); C8(95); N7(96); C4(104); N3(103) (выделены красным);
в сторону малой бороздки: O6(99); N1(100); N2(102) (выделены синим)
В А- форме, в сторону большой бороздки ориентированы атомы:O6(99), N1(100), N2(102), N3(103), - а в сторону малой - N7(96), C8(95), N9(94).

Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК
А- форма В- форма Z- форма
Тип спирали правая правая левая
Шаг спирали (А) 28 33.8 44.6
Число онований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 16.810 17.210 9.865
Ширина малой бороздки 7.985 11.693 18.303


Сравнение торсионных углов А- В- форм
alpha (P-O5') beta(O5'-C5') gama(C5'-C4') delta(C4'-C3') epsilon(C3'-O3') zeta(O3'-P) chi(C1'-N)
A-DNA (презентация) -62 173 52 88 или 3 178 -50 -160
A-DNA -51.70 174.79 41.73 79.04 147.80 -75.07 -157.21
B-DNA (презентация) -63 171 54 123 или 131 155 -90 -117
B-DNA -29.87 136.38 31.17 143.34 140.77 -160.52 -117.90

alpha beta gama delta epsilon zeta chi
А- форма -51.70 174.79 41.73 79.04 147.80 -75.07 -157.21
В- форма -29.87 136.38 31.17 143.34 140.77 -160.52 -117.90
Z- форма 139.51 179.01 -173.76 94.88 103,59 -64,83 58.72

Торсионные углы тРНК (значения углов)
alpha beta gama delta epsilon zeta chi
среднее значение -43.50 72.93 54.33 85.30 -149.97 -71.13 -141.32

Таким образом РНК, похожа скорей на А- форму.

Торсионные углы в ДНК

Здесь, цветом выделены наиболее отклоняющиеся значения. Таким образом, самым "деформированным" можно назвать цистеин 2 из цепи II, имеющим 4 максимальных отклонения (краевые нуклеотиды при выполнеии задания не рассматривались).

Водородные связи
Акцепторный стебель образован нуклеотидами с 501(G) по 507(A)(I цепи) и комплементарными им 572(C) по 566(U)(II цепи)
D-стебель образован: 510-513 и 525-522
Антикодоновый стебель: 538-544 и 532-526
Т-стебель: 549-553 и 565-561

Возможные стекинг взаимодействия
Представлено стекинг взаимодействие пар GC/GU, площадь их перекрывания, по результатам анализа оказалась самой большой (секция №2, суммарное значение =13.40). Верхние основания почти полностью закрываеют нижние.
изображение стэкинг взаимодействия, построенного спомощью команды stack2img изображение полученное спомощбю RasMol
Впротивопоставление, стекинг взаимодействие между AG/CU имеет суммарное значение 1.93 (секция№7), площадь перекрывания очень маленькая.
изображение стэкинг взаимодействия, построенного спомощью команды stack2img изображение полученное спомощбю RasMol
©Базылев Сергей, 2007