Занятие 2: кристаллическая решетка. Группа симметрии.

Cедьмой семестр

2) Обратимся к полю REMARK 290 в PDB-файле:
REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY
REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 21 21 21
REMARK 290
REMARK 290 SYMOP SYMMETRY
REMARK 290 NNNMMM OPERATOR
REMARK 290 1555 X,Y,Z
REMARK 290 2555 -X+1/2,-Y,Z+1/2
REMARK 290 3555 -X,Y+1/2,-Z+1/2
REMARK 290 4555 X+1/2,-Y+1/2,-Z
REMARK 290
REMARK 290 WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER
REMARK 290 MMM -> TRANSLATION VECTOR

Указано название группы симметрии: P 21 21 21.

Параметры ячейки ищем в строке cryst1:
CRYST1 51.110 67.014 123.681 90.00 90.00 90.00 P 21 21 21 4
Таким образом, первые три числа - длины сторон, а 90 - углы между ними. Тип центрирования Р, симметрия четвертого порядка.

3) Для того, чтобы найти возможных белков-соседей по кристаллической решетке, используем команду: symexp sym, 1oyg, (1oyg), 5.0 .
Получим изображение соседей и их список:

И с другого ракурса:

4) Файл со структурными факторами, содержащий 91 635 значений.