Главная страница > Второй семестр > Отчет по работе с БД Pfam

Отчет по работе с БД Pfam

Доменная структура белка GLMS_ECOLI

Рис. 1 (А, Б). Доменная структура белка GLMS_ECOLI (по данным Pfam). A. Cхема последовательности белка, домены обозначены цветными прямоугольниками. Б. Расположение доменов на 3D-структуре (PDB ID: 1jxa), цвета как на рис. 1А.

Табл. 1. Краткое описание доменов белка GLMS_ECOLI (по данным Pfam).

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности GLMS_ECOLI
PF00310	GATase_2	Глутаминамидотрансфераза II класса	1 — 193
PB000866	PfamB-866	—	205 — 248
PF01380	SIS	Изомераза сахаров	286 — 421; 458 — 594

Таким образом, в состав последовательности GLMS_ECOLI входят три домена PfamA: глутаминамидотрансфераза II класса и две копии изомеразы сахаров (рис. 1, табл. 1). Кроме того, в состав последовательности входит еще один возможный домен (PfamB-866) и участок низкой сложности, расположенный в начале последовательности глутаминамидотрансферазы. Информация о доменном составе GLMS_ECOLI согласуется с информацией о катализируемой им реакции: GLMS_ECOLI осуществляет процесс переноса амидной группы глутамина на фруктозу-6-фосфат, который сопровождается изомеризацией в глюкозамин-6-фосфат (см. запись P17169 банка SwissProt).

Подробное описание домена PF00310

Описание доменов данного семейства:

Домены данного семейства катализируют перенос амидной группы глутамина на атом углерода различных субстратов (глутаминамидотрансферазная каталитическая активность). Домены могут быть как представлены отдельной субъединицей, так и быть объединенными с различными синтазными доменами в пределах одной полипептидной цепи. Существуют два класса глутиминамидотрансферазных доменов: класс I (trgP-типа) и класс II (purF-типа). Глутаминамидотранcферазный домен II класса входит в состав следующих белков: амидофосфорибозилтрансфераз, которые катализируют первую стадию биосинтеза пуринов (ген purF бактерий, ADE4 дрожжей), глюкозамин — фруктоза-6-фосфатамидотрансфераз, которые катализируют синтез глюкозамин-6-фосфата из фруктозы-6-фосфат и глутамина (ген glmS кишечной палочки, nodM Rhizobium, GFA1 дрожжей), и аспарагинсинтетаз (глутамингидролизующих), которые отвечают за синтез аспарагина из аспартата и глутамина. Домен также найден в некоторых цистеиновых пептидазах семейства C44 (по классификации MEROPS) и в их непептидазных гомологах.

Количество известных белков, содержащих домен PF00310: 1467

Распределение белков, содержащих данные домены, по различным систематическим группам представлено в табл. 2.

Табл. 2. Распределение белков, содержащих домен PF00310, по различным таксонам (по данным Pfam).

Таксон		Количество белков с доменом PF00310
Эукариоты	Растения	82
	Грибы	103
	Животные	74
Бактерии		1011
Археи		81

Во всех типичных вариантах доменной структуры белков глутаминамидотрансфераза II класса встречается только в сочетании с другими доменами (например, с доменами SIS, Glu_synthase и Asn_synthase).

Среди всех типичных вариантов доменной структуры случаи дупликации глутаминамидотрансферазы II класса неизвестны.

Во всех типичных вариантах доменной структуры глутаминамидотрансфераза II класса является N-концевым доменом (при этом домен иногда имеет разрывы, в которые могут быть вставлены участки низкой сложности, как в последовательности Q436K9_9ACTO, или другие домены, как в последовательности GLMS_METJA). Таким образом, случаи перестановки глутаминамидотрансферазы II класса с другими доменами неизвестны.

Информация о 20 типичных вариантах доменной структуры белков, в состав которых входит глутаминамидотрансфераза II класса, взята с сайта Pfam.