На главную

Онтологии, GO.

Описание термина Gene Ontology

Термин по-русски Процессинг тРНК
Термин по-английски tRNA processing
Идентификатор GO 0008033
Количество синонимов нет
Определение термина Процесс, при котором молекула предшественника тРНК трансформируется в зрелую тРНК, готовую к присоединению аминокислотной группы.
Количество родителей 2 (Связь is_a)
Количество дочерних терминов Нет
Связь is_a означает, что родительский термин является более общим термином, чем дочерний, например, tRNA processing (процессинг тРНК) is_a RNA processing (процессинг РНК). part_of - дочерний термин является частью родительского, но родительский не обязательно содержит дочерний. Cсылкa на запись с объяснением термина

Создание выборок мембранных белков Caenorhabditis elegans

 Группа белков протеома Количество белков Запрос
Все   23212   "(([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*])"
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO  3217  "((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) "
В том числе в мембране  1213  "Query "(((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:membrane*]) > parent )) " found 1213 entries"
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции  0  
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции   1209  "Query "((((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:membrane*]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.*] ! ((((((([uniprot-DBxref:IMP.*] | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*]) | [uniprot-DBxref:IDA.*]) | [uniprot-DBxref:TAS.*])) > parent )) " found 1209 entries"
 Группа белков протеома Количество белков Запрос
Все   23212   "(([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*])"
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO  3217  "((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) "
В том числе в мембране  1211  "(((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([uniprot-DBxref:GO:0016020*] > parent ))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции  0  
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции   1209  ((((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([uniprot-DBxref:GO:0016020*] > parent )) & ((((((((([uniprot-DBxref:IEA.*] ! [uniprot-DBxref:TAS.*]) ! [uniprot-DBxref:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref:NAS.*]) > parent ))
Исходя из полученных данных видно, что аннотаций с хорошими довазательствами функций НЕТ. Почти все найденные документы с самым плохим доказательством функции, что свидетельствует о плохой аннотации.

В качестве хороших доказательств рассматривались обоснования с кодами IDA и TAS, то есть вёлся поиск белков, охарактеризованных только этими терминами GO.
За плохие доказательства были приняты доказательства с кодом IEA.

Здесь можно видеть различные изображения заданного организма —

© Михайлова Татьяна, 2006