Метаболические пути. KEGG

Метаболические пути. KEGG.

1. Поиск графических формул и идентификаторов гистидина и глутамата в KEGG

На сайте Биоинформатического Центра Института Химический Исследований Университета Киото, пойдя по ссылке на БД химических соединений и реакций, провел поиск глицина и пирувата по названиям на английском (glycine, pyruvate).
Ниже приведены химические формулы данных веществ и их названия на русском и на английском языках.

Glycine;

Aminoacetic acid;

Gly

Глицин

Pyruvate;

Pyruvic acid;

2-Oxopropanoate;

2-Oxopropanoic acid;

Pyroracemic acid

Пируват

2. Поиск метаболического пути

На том же сайте был найден метаболический путь, соответсвующий превращению биосинтеза глицина из пирувата. На картинке красным выделены заданные вещества - пируват и глицин, а желтым - ферменты, участвующие в необходимых для этой реакции химических превращениях.

Метаболизм глицина из пирувата

По картинке видно, что в данной реакции участвует

2 фермента. Фермент 4.3.1.19 не участвует в реакции биосинтеза. Реакция идет через 1 промежуточное вещество.

Выделение цветом пути биосинтеза глицина из пирувата для картинки было сделано при помощи команд

cpd:C00022 red

cpd:C00037 red

4.3.1.17 yellow

4.3.1.19 yellow

2.1.2.1 yellow

3. Исследование выбранного метаболического пути

Возможный путь биосинтеза глицина из пирувата

Этап

Ферментативная реакция

Фермент

L-serine = pyruvate + NH3

EC 4.3.1.17

5,10-methylenetetrahydrofolate + glycine + H2O = tetrahydrofolate +

L-serine

EC 4.3.1.19

Метаболический путь биосинтеза глицина из пирувата представлен двумя реакциями.

Определим, возможна ли выбранная цепочка реакций у конкретных организмов.

Результаты в таблице ниже.

Организм	Возможен ли биосинтез глицина из пирувата по данным KEGG ? (Да/нет)	Краткое обоснование
Homo sapiens	Да	Оба фермента присутствуют.
Escherichia coli	Да	Оба фермента присутствуют.
Pseudomonas aeruginosa PAO1	Да	Оба фермента присутствуют
Methanococcus janaschii	Нет	Не найден фермент катализирующий первую стадию (4.3.1.17).

На главную страницу четвертого семестра

На главную