1. Поиск нужного термина в словарях GO
Заданное описание описание локализации - нуклеосома.
Выбранный термин GO nucleosome, идентификатор GO:0000786.
Название онтологии GO - cellular component (клеточный
компонент).
Определение: Комплекс содержит нить ДНК, которая намотана
на сердцевину, состоящую из нескольких субъединиц. Данный комплекс
ассоциирован с белками, формирующими первичные единицы, из которых далее
строятся структуры с более высоким уровнем упаковки ДНК. [source: GOC:elh]
2. Описание функции белка GLPK_ECOLI (AC UniProt P0A6F3)
|
|
Онтология
GO (имя)
|
Количество ассоциированных терминов GO
|
Краткий ответ на вопрос(данные GO)
|
|
|
Где?
|
component
|
0
|
|
|
|
Зачем, для
чего?
|
process
|
4
|
Меаболизм углеводов, метаболизм глицерола; метаболизм
глицерол-3-фосфата ( 2 ссылки)
|
|
|
Молекулярный
механизм?
|
function
|
7 (10 ссылок)
|
Связывание нуклеотидов; активность глицерол киназы;
связывание АТФ; связывание ионов цинка; киназная активность; трансферазная
активность; связывание ионов металла;
|
|
|
Специфичность?
|
function
|
0
|
Связывание с ионом цинка, связывание с АТФ.
|
|
3.Создание
больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)
Протеом Caenorhabditis
elegans Результаты поиска в UniProt
|
|
Количество записей
|
Запрос
|
|
Всего
|
23257
|
(([uniprot-Organism:Caenorhabditis*]
& [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis
elegans*])
|
|
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO
|
2622
|
(([uniprot-Organism:Caenorhabditis*]
& [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis
elegans*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) &
[uniprot-DBxref_:P:*])
|
|
В том числе в нуклеосоме
|
9
|
(([uniprot-Organism:Caenorhabditis*]
& [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis
elegans*]) & ((([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:F:*])
& [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:GO:0000786*]))
|
|
В том числе только с самыми хорошими
доказательствами функции (коды только IDA или TAS)
|
0
|
(([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) &
((([uniprot-DBxref_:GO:0000786*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) &
[uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*])) &
((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]) !
[uniprot-DBxref_:IMP*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI*])
! [uniprot-DBxref_:RCA*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS*]) !
[uniprot-DBxref_:IEP*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA*])
! [uniprot-DBxref_:IC*]) ! [uniprot-DBxref_:ND*]))
|
|
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз
самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)
|
0
|
(([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) &
((([uniprot-DBxref_:GO:0000786*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) &
[uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*])) &
([uniprot-DBxref_:IDA*] | [uniprot-DBxref_:TAS*]))
|
Только 2622 записи из 23257, относящиеся
к Caenorhabditis elegans имеют три идентификатора GO. Так же примечательно, что
у Caenorhabditis elegans нет ни одной записи, в которой
самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS).
|