- Различные виды деревьев заданных данной скобочной формой:
+---A | | +-B +-+ | | +-+ | | | +-C | -+ +-E | | | +-+ +-+ | | +-F | +---D
Укорененное Неукорененное Kладограмма - Дерево ультраметрическое т.е. расстояние до всех ветвей от корня одинаковое.
- Описание ветвей дерева как разбиения множества листьев:
A B C D E F 3-1 * * * * . . 1-2 * * * . . . 2-4 . * * . . . - Переукорененное дерево:
+-F | +-+ | | | +-E +-+ | | +-A -+ | | | +-------+ | +-B | | | | +-D +-+-+ | +-C - Дерево неультраметрическое.
- Описание ветвей полученного дерева как разбиения множества листьев:
A B C D E F 3-2 * * * * . . 4-2 * * * . . . 4-5 . * * . . . - Скобочная формула полученного дерева: (((F:27,E:27):33,(A:50,(B:37,C:37):13):90)):30,D:30)
Изображение дерева растояния перессчитаны на число мутаций, считая что данные расстояние есть число мутаций на 100 п.н):
Скрипт для получения мутантных последовательностей соответствующих полученному дереву. Имена последовательностей соответствуют номерам узлов если это узлы и названиям листьев, если это листья:
msbar AAC73234.fasta AAC73234_1.fasta -point 4 -count 620 -auto msbar AAC73234.fasta AAC73234_2.fasta -point 4 -count 776 -auto msbar AAC73234_1.fasta AAC73234_3.fasta -point 4 -count 512 -auto msbar AAC73234_2.fasta AAC73234_4.fasta -point 4 -count 202 -auto msbar AAC73234_2.fasta AAC73234_A.fasta -point 4 -count 776 -auto msbar AAC73234_4.fasta AAC73234_B.fasta -point 4 -count 574 -auto msbar AAC73234_4.fasta AAC73234_C.fasta -point 4 -count 574 -auto msbar AAC73234_1.fasta AAC73234_D.fasta -point 4 -count 931 -auto msbar AAC73234_3.fasta AAC73234_E.fasta -point 4 -count 419 -auto msbar AAC73234_3.fasta AAC73234_F.fasta -point 4 -count 491 -auto
Параметр point задает тип мутации (4 - замена)
Параметр auto задает Turn off prompts.