Элементарные эволюционные события

Записи из embl извлекались вручную, белков с указанными процентами идентичности найти не всегда удалось, нет с идентичностью 90-95%, и с 50%, дополнительно взята последовательность с идентичностью 36%

Анализ выравнивания гена и беловой последовательности laccase с геном и белковой последовательностью ближайшего гомолога:

Замены:

	Позиция		Замена
	Белок	Ген	Белок	Ген
Приведшие к амминокислотным заменам	61	182	G->E	G->A(GGG->GAG)
	95	283	T->A	A->G(ACG->GCG)
	110	330	E->D	A->C(GAA->GAC)
	274	820	P->T	C->A(CCG->ACG)
	285	854	V->E	T->A(GTG->GAG)
	489	1465,1467	D->N	G->A,T->C(GAT->AAC)
Cинонимичные замены в 1 и 2 позиции кодона	214	640	L	T->C(TTG-CTG)

Cинонимичных замен нуклеотидов наблюдается 35. Только одна из них не в третей позиции кодона.
Соотношение 7/35=1/5=0.2, 16.7% несинонимичных и 83.3% синонимичных.
Матрица нуклиотидных замен:

A C G T

A 4 19 2

C 4 0 15

G 19 0 2

T 2 15 2

Как видно, пуриновые основания чаще меняются на пуриновые, пиримидиновые на пиримидиновые.

Исследование зависимости процента совпадений последовательностей белков от процента совпадений последовательностей их генов.

Laccase	HAEM

Общий вид примерно идентичен, для гомологов лакказы свойственна несколько большая идентичность белков, невыходящая впрочем за рамки статистичечкой (на глазок :-) погрешности, могущая быть связанна с тем что для гемагглютинина вариабельость является функционально оправданной так как он входит в оболочку вируса, обеспечивает возможность проникновения в кл, его вариабельность защищает вирус от иммунитета хозяина. В то время как изменение последовательности для гомологов лакказы (являющихся в основном оксидоредуктазами) может привести к изменению или потере функции, поэтому отбор здесь более жесткий.