На главную страницу третьего семестра

Предсказание генов во фрагменте генома бактерии Yersinia bercovieri

Исследовние фрагмента гена AALC01000086 с 1 по 4000 п.о.

  1. Исследуемый фрагмент.
  2. В исследуемом фрагменте программой getorf найдено 5 ОРС
  3. Скрипт для поиска и записи в файл числа всех находок blastpом гомологов найденых ранее ОРС в имеющихся в SwissProtе записях о белках бактерий таксона Enterobacteriales: 
    seqret getorf_AAL.fasta:AALC01000086_1 stdout |  blastall -p blastp -d entbac  -e 0.01 |grep "Number of sequences better than 1.0e-02:" > out
seqret getorf_AAL.fasta:AALC01000086_2 stdout |  blastall -p blastp -d entbac  -e 0.01 |grep "Number of sequences better than 1.0e-02:" >> out
seqret getorf_AAL.fasta:AALC01000086_3 stdout |  blastall -p blastp -d entbac  -e 0.01 |grep "Number of sequences better than 1.0e-02:" >> out
seqret getorf_AAL.fasta:AALC01000086_4 stdout |  blastall -p blastp -d entbac  -e 0.01 |grep "Number of sequences better than 1.0e-02:" >> out
seqret getorf_AAL.fasta:AALC01000086_5 stdout |  blastall -p blastp -d entbac  -e 0.01 |grep "Number of sequences better than 1.0e-02:" >> out

    Pезультаты поиска:
    Начало ОРСКоннец ОРСНаправлениечисло находок
    377673прямое0
    9992213прямое1
    22413068прямое0
    33174000прямое0
    63878обратное0

    Схема расположения :-) : 
          999------>2231
________________________________

    Команды для получения требуемых данных:
©Павел, Мазин