Пакеты BLAST и Fasta

BLAST

Поиск ближайшего гомолога laccase (P36649) посредством программы TBLASTN в геноме холерного вибриона:
- AC ближайшего гомолога - AE004339
- Координаты выравнивания - с 10199 по 9828.
- Координаты CDS - c 8523 по 10352.
- АС в UniProt - Q9KNJ4.
- E-value - 0.97 (т.е. фактически это не гомолог). Остальные находки с еще большим E-value.
Поиск ближайшего гомолога laccase (P36649) посредством программы TBLASTN в геномах Vibrio cholerae, Pseudomonas aeruginosa, Pasteurella multocida:
E-value лучшей находки их холерного вибриона - 3.0, из Pasteurella multocida и Pseudomonas aeruginosa есть 4 находки с E-value меньше 0.01 (E-value меньше 10^-40).
Поиск ближайшего гомолога laccase (P36649, ген из записи BAB96698) программой BLASTN в геномах Vibrio cholerae, Pseudomonas aeruginosa, Pasteurella multocida:
Лучшая находка в Pseudomonas aeruginosa, E-value 0.063, длинна выравнивания - 18, лучшие находки из поиска TBLASTN тоже присутствуют но с совсем плохим Е-value. Все находки характеризуются хорошим совпадением и маленькой длинной, т.е. эти находки случайны. Как видно по гену искать гомологов бессмысленно.tblastn и blastn

Fasta

Поиск ближайших гомологов гена BAB96698 в геноме Pasteurella multocida программой fasta34:
При поиске по гену первые две находки соответствуют лучшим находкам tblastn, но E-value низкий. Результаты поиска: tplasp, fasta34
При поиске по белковой последовательности fasta34 почему-то не находит хороших находок вообще. fasta34 по белку
Изменение фрагмента последовательности из генома Pasteurella multocida (из записи AE006230) так, чтобы megablast его не находил при поиске по трем геномам:
```
Исходная последовательность:   cgcaatttgatgaccgcactttttagtgaaaagtgcggttcatctttgataaagagtaggatgtaacaatgacagaaaaaatcataaaactcaatgagatgccacaagcg
Измененная последовательность: cgcTatttgatgaccgcacttAttagtACaaagtCcggttcatctttgataaagagtaTgatgtaaAaatgacagaGCaaatcataaaactcaatgagatgccacaTgcg
```
Измененные основания выделены большими буквами.
Поиск megablastом гомологов глициновых тРНК E.coli:
C установками по умолчанию находит 4 гомолога: AE005174_10294 и 3 AE005174_5568. С смыслом параметров megablasta (W, t, N) не разобрался...