На главную страницу третьего семестра

Пространственная структура РНК

1. Исследуемая структура не содержит ни одного достаточно протяженного учатска спирали (нет полного витка) поэтому сранивать ее с структурой ДНК некорректно. Количество оснований на виток примерно 9-10, шаг спирали - около 24-28 А, по этим параматрам данная структура не напоминает ни одну из структур ДНК, по торсионным углам даже в четко спирализованных участках такой большой разброс что указать на схожесть с А или В формой ДНК невозможно.
   Третичная структура исследуемой структуры (полученна исследованием третичной структуры в RasMole в ручную, подтверждена программой find_pair:

   Элемент Диапазон Правая спираль 1 1-6, 29-24 Выпетливание 1 7 Правая спираль 1 8-12, 23-19 Выпетливание 2 18 Комплементарная пара 13,17 Петля 14-16

2. Полученная выдача:
   

         1 ggagtgcttcaa-ca 14      
            |||| | | ||| ||
         29 cctcgc-aggttcgt 16

   
   Программа нашла практически те же участки комплиментраности что и были найдены в предыдущем задании, только она почему-то переименовала U в T, также программа не учитывает стерические затруднения (из-за которых не могут быть спарены с А14 и U16) и возможность спаривания неканонических пар (G-U).
3. При варьировании энергии до 15% процентов находится только одна структура. Почему программа не спаривает 13 и 17 основания не ясно, видимо энергия короткой петли выше чем длинной и это компенсирует отсутствие спаривания.
   Графическое изображение полученных mfolfd структур: