Между основаниями могут образовываться водородные связи, возможны Ван-дер-Вальсовы взаимодействия, при существенном изменении структуры возможны ковалентные связи с раскрытием имеющихся двойных (напиример тиминовые димеры).
| Aденин | Гуанин | |
| Тимин |  |  |
| Цитозин |  |  |
Правильные пары - A-T и G-C, хотя G-T тоже возможная пара, но при ней образуется всего 2, а не три связи, пара A-C невозможна из-за стерических затруднений (нарисованный вариант не может реализоваться в двойной спирали).