Состав записи 1PFK банка PDB
Анализировалась структура PDB1PFK.
HEADER : TRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE) 25-JAN-88 1PFK Содержит название белка, дату создания структуры и код записи
Название структуры: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF PHOSPHOFRUCTOKINASE FROM ESCHERICHIA $COLI WITH ITS REACTION PRODUCTS.
Название макромолекулы: PHOSPHOFRUCTOKINASE (E.C.2.7.1.11) (R-STATE) COMPLEX WITH 2 FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE AND /ADP$(SLASH)*MG++
Данный мне белок содержит две идентичных цепи A и B.
Поля HET, HETNAM, FORMUL содержат информацию о низкомолекулярных веществах (лигандах, ионах и молекулах воды), а также о нестандартных остатках цепей данного мне белка.
В каждой из цепей имеется по пять молекул лигандов:
1).фруктоза-1,6-бисфосфат ID молекулы-FBP Формула соединения - 2(C6 H14 O12 P2). Содержит 20 атомов в молекуле,не считая водорода(водорода-14 атомов). Условный номер в цепях-323.
2).аденозин дифосфат ID молекулы-ADP Формула соединения-4(C10 H15 N5 O10 P2). Содержит 27 атомов в молекуле, не считая водорода(водорода-15 атомов). Условный номер в цепях-324.
3).магний (II) ион ID молекулы-MG Формула соединения-4(MG1 ++). Содержит 1 атом в молекуле. Условный номер в цепях-325.
4).аденозин дифосфат Условный номер в цепях-326.
5).магний (II) ион Условный номер в цепях-327.
В поле FORMUL также есть вода: HOH *277(H2 O1)
Изображение белка:
Белок типа "альфа+бета". В каждой из цепей белка находится 13 альфа-спиралей и 11 бета-тяжей.
| Изображение цепи B в остовной модели |
|
| Изображение цепи В в структурной модели.
Розовые альфа-спирали и оранжевые бета-тяжи |
|
| Изображение двух цепей белка в остовной модели,
лигандов и воды цепь А - зеленый цвет; цепь В - желтый цвет; лиганды раскрашены в цвета по атомам и представлены в шарнирной модели; вода раскрашена в розовый цвет и представлена в шариковой модели. |
|