Занятие 1.

Введение в PyMOL.

Суть занятия состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.

Задание 1.

Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) необходимо провести мутацию в белке 1lmp.pdb, которая по моему мнению должна привести к потере связывания с лигандом. А также нужно предварительно оценить зону котнакта.

Изображение поверхности контакта полипептидной цепи с лигандом:

Я решила провести мутацию в аминокислоте аспарагиновая кислота 101. Эта аминокислота образует водородную связь с лигандом. Я заменила ее на гидрофобную аминокислоту валин:

Сохранила измененную структуру в файле 1lmp_mutant.pdb.

Задание 2.

Используя команды mset, mview, super, translate необходимо создать анимационный ролик (mpeg), где происходит совмещение белков и показывается место мутации.

Задание 3.

Я создала поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы я использовала режим Editing и манипулировала торсионными углами. Ctrl+RightClick - выбор связи, Ctrl+LeftClick - вращение.

Изображение последовательности:

Структура в файле valent.pdb.

Задание 3.

Скрипт для построения поли-аланиновой альфа спирали длинной 100 аминкислот.

<<Обратно на шестой семестр
<<Обратно на главную страницу