Занятие 4

Кристаллографическая симметрия.

    Работа с записью 1MNM банка PDB.

  1. Поле COMPND.

    2. COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
COMPND   2 MOLECULE: DNA (STE6 OPERATOR DNA);                                   
COMPND   3 CHAIN: E;                                                            
COMPND   4 ENGINEERED: YES;                                                     
COMPND   5 MOL_ID: 2;                                                           
COMPND   6 MOLECULE: DNA (STE6 OPERATOR DNA);                                   
COMPND   7 CHAIN: F;                                                            
COMPND   8 ENGINEERED: YES;                                                     
COMPND   9 MOL_ID: 3;                                                           
COMPND  10 MOLECULE: PROTEIN (MCM1 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR);                  
COMPND  11 CHAIN: A, B;                                                         
COMPND  12 FRAGMENT: RESIDUES 1 - 100;                                          
COMPND  13 SYNONYM: PHEROMONE RECEPTOR TRANSCRIPTION FACTOR;                    
COMPND  14 ENGINEERED: YES;                                                     
COMPND  15 MOL_ID: 4;                                                           
COMPND  16 MOLECULE: PROTEIN (MAT ALPHA-2 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR);           
COMPND  17 CHAIN: C, D;                                                         
COMPND  18 FRAGMENT: RESIDUES 113 - 189;                                        
COMPND  19 SYNONYM: MATING-TYPE PROTEIN ALPHA-2;                                
COMPND  20 ENGINEERED: YES

    В записи содержится информация о цепях E и F ДНК оператора STE6.
    А также информация о 4 белковых цепях: A и B - остатки 1 - 100 регулятора транскрипции MCM1 (транскрипционный фактор рецептора феромона); C и D - остатки 113 - 189 репрессора транскрипции MAT ALPHA-2 .

  2. Изучение водородных связей цепи D в пределах ассиметрической единицы.

    3. Изображение, на котором видны:
    а) цепь D в остовной (ribbon или cartoon) модели (зеленая);
    б) обе цепи ДНК в остовной модели (цепь F - оранжевая, цепь E - желтая);
    в) цепь белка, связанная с цепью D, в остовной модели (цепь A - красная);
    г) в проволочной (lines) модели - все (аминокислотные и нуклеотидные) остатки, связанные водородными связями с цепью D, и все остатки цепи D, связанные с другими цепями
    (Шариками (spheres) показаны атомы цепи D, участвующие в образовании водородных связей с другими цепями, или атомы других цепей (всех кроме D), участвующие в образовании водородных связей с атомами цепи D. Белым выделены атомы углерода остатков цепи D, участвующие в образовании водородных связей с другими цепями. Фиолетовым выделены атомы углерода других цепей (всех кроме D), участвующие в образовании водородных связей с атомами цепи D.)

    Как видно, цепь D образует водородные связи с цепью А и ДНК.

    Более подробное изображение аминокислотных и нуклеотидных остатков, связанных водородными связями с цепью D, и всех остатков цепи D, связанных с другими цепями:

  3. Связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы.

    4. Связь цепи D с молекулой ДНК:

    Cоседние симметрические образы асимметрической единицы были восстановлены с помощью команды:

    symexp sym, 1MNM, chain d, 3.5

    Восстановилось 3 соседних симметрических образа.

    Изображение цепи D и связанной с ней ДНК (содержащейся и в той же ассиметрической единице, и восстанавливаемой по симметрии кристалла):

    Цепь D контактирует с ДНК на границе асимметрической единицы.
    Часть контактов находится в пределах одной асимметрической ячейки, а другая часть - между цепью D одной ячейки и ДНК другой ячейки.
    Белок взаимодействует с большой бороздкой ДНК через альфа-спираль и с малой бороздкой ДНК через неструктурированный участок.

    Изображение цепи D и связанных с ней белков из других образов ассиметрической единицы:

    Шариками (spheres) показаны атомы цепи D, участвующие в образовании водородных связей с другими цепями, или атомы других цепей (всех кроме D), участвующие в образовании водородных связей с атомами цепи D.
    Желтым выделены атомы углерода остатков цепи D, участвующие в образовании водородных связей с другими цепями.
    Зеленым выделены атомы углерода других цепей (всех кроме D), участвующие в образовании водородных связей с атомами цепи D.

    Зеленым цветом показана цепь D, красным - цепи A двух других образов ассиметрической ячейки.

    Цепь D связывается с цепями A двух других образов ассиметрической ячейки, и с одной из них образуется единый бета-лист.
     


    <<Обратно на пятый семестр
    <<Обратно на главную страницу

    ©Лелекова Мария,2010