Занятие 13

SCOP и CATH.

Классификация доменов записи PDB 1PFK согласно SCOP.

Для этой записи был определен 1 домен:

АТФ-зависимая фосфофруктокиназа из E. coli (Protein: ATP-dependent phosphofructokinase from Escherichia coli):

  • Расположен в цепи A и в цепи В белка 1PFK, занимает всю цепь целиком.

  • Классификация по SCOP:

    класс - Alpha and beta proteins (a/b);

    укладка - Phosphofructokinase;

    суперсемейство - Phosphofructokinase;

    семейство - Phosphofructokinase.

  • Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? - 1 семейство.

  • Сколько суперсемейств имеет данную укладку? - 1 суперсемейство.

Так как в моей структуре всего один домен, то я решила дополнительно описать 2 домена из другой стурктуры. Я взяла PDB-запись 1CQI, выданную предыдущему курсу.

Для этой записи было определено 4 домена, из которых я решила рассмотреть 2 первых:

Первый их них - N-концевой (CoA-связывающий) домен альфа-цепи белка сукцинил-CoA синтетазы из E. coli (Protein: Succinyl-CoA synthetase, alpha-chain, N-terminal (CoA-binding) domain from Escherichia coli):

  • Расположен в цепи A и в цепи D белка 1CQI, занимая в обеих цепях позиции 1-121.

  • Классификация по SCOP:

    класс - Alpha and beta proteins (a/b);

    укладка - NAD(P)-binding Rossmann-fold domains;

    суперсемейство - NAD(P)-binding Rossmann-fold domains;

    семейство - CoA-binding domain.

  • Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? - 12 семейств.

  • Сколько суперсемейств имеет данную укладку? - 1 суперсемейство.

Второй - C-концевой домен альфа-цепи белка сукцинил-CoA синтетазы из E. coli (Protein: Succinyl-CoA synthetase, alpha-chain, C-terminal domain from Escherichia coli):

  • Расположен в цепи A и в цепи D белка 1CQI, занимая в обеих цепях позиции 122-286.

  • Классификация по SCOP:

    класс - Alpha and beta proteins (a/b);

    укладка - Flavodoxin-like;

    суперсемейство - Succinyl-CoA synthetase domains;

    семейство - Succinyl-CoA synthetase domains.

  • Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? - 1 семейство.

  • Сколько суперсемейств имеет данную укладку? - 15 суперсемейств.

2. Классификация доменов записи PDB 1PFK согласно CATH.

С помощью CATH было найдено 4 домена в записи 1PFK. Домены 1pfkA02 и 1pfkB02 это фактически один и тот же домен, но CATH распознает их по разному, так как они расположены на разных цепях (А и В соответственно).

Рассмотрю один из них:

Домен 1pfkA02:

  • Расположен в цепи А белка 1PFK, занимает в цепи позиции 142-251 и 303-318.

  • Классификация по CATH: 3.40.50.460.2.1.1.1.1;

  • Класс - Alpha Beta;

    архитектура - 3-Layer(aba) Sandwich;

    топология - Rossmann fold;

  • Сколько суперсемейств имеет данную топологию? - 120 суперсемейств.

  • Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? - 1283 семейства.

Домены 1pfkA01 и 1pfkB01 это тоже фактически один и тот же домен, поэтому я рассмотрела только один из них.

Домен 1pfkB01:

  • Расположен в цепи B белка 1PFK, занимает в цепи позиции 0-141 и 256-302.

  • Классификация по CATH: 3.40.50.450.1.2.1.1.2;

  • Класс - Alpha Beta;

    архитектура - 3-Layer(aba) Sandwich;

    топология - Rossmann fold;

  • Сколько суперсемейств имеет данную топологию? - 120 суперсемейств.

  • Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? - 1283 семейства.

3. Различия между CATH и SCOP в описании доменов записи 1PFK.

Доменная организация белка записи 1PFK по-разному определена в CATH и SCOP.

SCOP определил только один домен, а CATH - 4 (на самом деле 2, так как у этих доменов есть копии на противоположной цепи).

Домены имеют разную классификацию в CATH и SCOP:

в SCOP укладка домена называется Phosphofructokinase, а в CATH топология называется Rossmann fold;

суперсемейство и семейство в SCOP - Phosphofructokinase, а в CATH суперсемейство и семейство не определено.

SCOP определил домен как полностью всю цепь, а CATH определил координаты доменов в цепи. Все это может быть связано с разным количеством уровней (в СATH их 9, а в SCOP 6), это говорит о разной степени подробности каждого из уровней.

4. Выравнивание доменов записей PDB 1p2f и 7req (на примере доменов цепи А)

Я создала выравнивание двух доменов с одной укладкой по SCOP (Flavodoxin-like), но из разных суперсемейств:

1p2f

класс - Alpha and beta proteins (a/b);
укладка - Flavodoxin-like;
суперсемейство - CheY-like;
границы домена - 1-120.

7req

класс - Alpha and beta proteins (a/b);
укладка - Flavodoxin-like;
суперсемейство - Cobalamin (vitamin B12)-binding domain;
границы домена - 561-728.

С помощью PyMOL я произвела выравнивание доменов и получила следующую картинку:

Голубым выделен домен 1p2f, а салатовым - домен 7req.

RMSD - 8.920.

Полученное выравнивание очень плохое, это видно и по RMSD, и по самой картинке. Ни альфа-спирали, ни бета-листы не совпали друг с другом.

Те же два домена были выравнены с помощью команды super PyMol: 

super 1p2f and chain a and resi 1-120 and name ca, 7req and chain a and resi 561-728 and name ca
MatchAlign: aligning residues (357 vs 168)...
 ExecutiveAlign: 14 atoms aligned.
 ExecutiveRMS: 1 atoms rejected during cycle 1 (RMS=1.10).
 ExecutiveRMS: 1 atoms rejected during cycle 2 (RMS=0.83).
 Executive: RMS =    0.544 (12 to 12 atoms)

Голубым выделен домен 1p2f, а салатовым - домен 7req.

Наложилась одна спираль.


 


<<Обратно на четвертый семестр
<<Обратно на главную страницу

©Лелекова Мария,2010