Занятие 10

Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены.

Задание 1.

Создадим изображения для димера пуриновых репрессоров 1QP0.pdb:

Для выполнения заданий была взята сборка биологической единицы 1QP0. Цепи A и M соответствуют цепям белка и ДНК из одной асимметрической единицы, C и B соответствуют цепям белка и ДНК из другой асимметрической единицы.

а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера:



б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт:



Остовная модель части цепи C, взаимодействующей с ДНК, покрашена в красный цвет. в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.



Задание 2.

Необходимо найти площадь контатов момомеров белка из сборки биологической единицы 1QP0.

Для этого я воспользовалась сервисом PROTORP.

В поле Option 3 загрузила свой файл и выбрала цепи, площадь контакта между которыми нужно найти (в данном случае цепи А и C).

На выходе получила следующую страницу.

Площадь контакта белковых мономеров составляет 2570.26 Å2; 43.41% этой площади приходится на гидрофобное взаимодействие.

Задание 3.

Воспользовавшись сервисом CluD, я определила гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка записи 1QP0 объемом не менее 10 атомов.

На выходе получила следующий файл с перечнем атомов, относящихся к гидрофобным кластерам: файл.

Изображение, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена различными цветами для каждого кластера:

Скрипт: cluster.pml

Задание 4.

Необходимо определить на сервисе pDomains доменную структуру:
  • а) одной из цепей белка 1PFK.

    Для цепи А белка записи 1PFK все методы выделения доменов определили 2 домена, кроме SCOP, который определил 1 домен.

    Наиболее адекватными мне показались результаты метода NCBI. Он выделил следующие домены:

    • красным: 1-132 , 254-306
    • зеленым: 133-253 , 307-320

    Изображение, на котором видны 2 гидрофобных ядра в структуре:

  • б) цепи A белка записи 1QP0.

    Для данного белка различные методы определили доменную структуру по-разному.

    Cтраница с результатами.

    Наиболее адекватными мне показались результаты метода CATH. Он выделил следующие домены:

    • зеленым: 2-58
    • красным: 59-160, 291-322
    • синим: 161-290, 323-339

    Изображение, на котором видны 3 гидрофобных ядра в структуре:


     


    <<Обратно на четвертый семестр
    <<Обратно на главную страницу

    ©Лелекова Мария,2010