Занятие 7

Знакомство с терминологией GO

Описание функции белка с помощью аннотации Gene Ontology

Я открыла страницу UniProt с описанием моего белка K6PF1_ECOLI.

Далее перешла по гиперссылке "Complete GO annotation..." на страницу браузера QuickGO EBI.

Описание функции белка представлено в следующей таблице:

Описание функции белка K6PF1_ECOLI в соответствии с GO-аннотацией

Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO

Где? Cellular Component
Клеточный компонент 2 cytoplasm (цитоплазма)
6-phosphofructokinase complex (6-фосфофруктокиназный комплекс)

Зачем, для чего? Biological Process
Биологический процесс 3 glycolysis (гликолиз)
glucose catabolic process (глюкозный катаболический процесс)
cellular carbohydrate catabolic process (клеточный углеводный катаболический процесс)

Молекулярный механизм? Molecular Function
Молекулярный механизм 2 transferase activity (трансферазная активность)
6-phosphofructokinase activity (6-фосфофруктокиназная активность)

Специфичность? Molecular Function
Молекулярный механизм 5 magnesium ion binding (связывание иона магния)
ATP binding (связывание АТФ)
protein binding <связывание белков)
ribonucleotide binding (связывание рибонуклеотидов)
metal ion binding (связывание иона металла)
binding(связывание)

Описание термина GO

консорциума Gene Ontology

Описание терминов GO
GO ID выбранного термина	Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0005737(цитоплазма) (граф)	нет	GO:0044424 (is a)	GO:0044444(part of); GO:0045495(is a); GO:0016528(is a)
GO:0044275(клеточный углеводный катаболический процесс) (граф)	cellular carbohydrate breakdown(клеточное углеводное расщепление) cellular carbohydrate catabolism(клеточный углеводный катаболизм) cellular carbohydrate degradation(клеточная углеводная деградация)	GO:0044262(is a); GO:0016052(is a)	GO:0019405(is a); GO:0046176(is a); GO:0051692(is a); GO:0044247(is a); GO:0046352(is a); GO:0019391(is a); GO:0016139(is a); GO:0019310(is a); GO:0046365(is a); GO:0043471(is a); GO:0006258(is a)
GO:0005515(связывание белков) (граф)	alpha-2 macroglobulin receptor-associated protein activity(альфа-2 макроглобулин рецептор-связанная белковая активность) protein degradation tagging activity(разрушение белка) protein tagging activity(активность по мечению белка) protein folding chaperone(шаперон, сворачивающий белок) protein amino acid binding(связывание аминокислот)	GO:0005488 (is a)	GO:0045294;GO:0043532;GO:0017107;GO:0045152;GO:0034185; GO:0043008;GO:0030881;GO:0001540;GO:0008013;GO:0048306; GO:0005516;GO:0005516;GO:0051087;GO:0030276;GO:0005518; GO:001848;GO:0071253;GO:0032767;GO:0030332;GO:0042980; GO:0019955;GO:0008092;GO:0070097;GO:0031249;GO:0045502; GO:0019899;GO:0001918;GO:0001968;GO:0048184;GO:0001965; GO:0031681;GO:0031682;GO:0045295;GO:0051021;GO:0001948; GO:0019838;GO:003074;GO:003279;GO:003172;GO:003107; GO:003049;GO:0000149;GO:0005483;GO:0070866;GO:0045545; GO:0046977;GO:0046980;GO:0017025;GO:0045569;GO:0033613; GO:0008134;GO:0070491;GO:0031369;GO:0051082;GO:0017147;GO:0042988 - для всех (is a)

Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

Определение числа реальных и гипотетических белков орангутана

Индексирование поля ProteinExistence БД UniProt:
1: Evidence at protein level (существование белка доказано экспериментально)
2: Evidence at transcript level (доказательство существования транскрипта)
3: Inferred from homology (выведен через гомологичность)
4: Predicted (предсказанные по-другому)
5: Uncertain (существование белка не доказано)

Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Орангутана(по данным UniProt)

Количество в UniProt

Существование белка доказано экспериментально 9

Известны только соответствующие транскрипты 3776

Гипотетический белок, предсказан по гомологии 506

Иные предсказанные гипотетические белки 821

Наибольшее количество белков обнаружено по соответствующим транскриптам, на втором месте негомологические предсказания, на третьем предсказания, связанные с гомологией.

Определение качества функциональной аннотации в UniProt

Коды экспериментального доказательства функции:
1. Inferred from Experiment (EXP) (получено из эксперимента);
2. Inferred from Direct Assay (IDA) (получено из прямого анализа);
3. Inferred from Physical Interaction (IPI) (получено из физического взаимодействия);
4. Inferred from Mutant Phenotype (IMP) (получено из мутантного фенотипа);
5. Inferred from Genetic Interaction (IGI) (получено из генетического взаимодействия);
6. Inferred from Expression Pattern (IEP) (получено из модели экспрессии).

Для определения сколько из реальных белков заданного таксона аннотированы по всем трем словарям GO в SRS был сформулирован следующий запрос:

Organism name	Pongo
ProteinExistence	1:\|2:;
DBxref_	GO:&P:&F:&C:&(EXP:\|IDA:\|IPI:\|IMP:\|IGI:\|IEP:);

Однако поиск не дал результатов: Error: request timeout.

Использование GO для работы с массовыми данными

Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Функция: гликолиз
Перевод названия функции на английский: glycolysis
Выбранный термин: GO:0006096
Данный термин относится к онтологии biological process.
Был произведен поиск всех белков из заданного таксона (Орангутан, Pongo) с таким идентификатором GO.

Запрос в SRS:
Organism name: Pongo
DBxref_ GO: GO:0006096

([uniprot-Taxonomy:pongo*] & [uniprot-DBxref_:GO:0006096*])

В результате поиска было найдено 20 находок. находки в виде файла с последовательностями в формате FASTA.

Определение главной функции в большом списке белков

ID (GO)	P-Value
GO:0005515    9.92e-11
GO:0005624    4.58e-07
GO:0000267    4.58e-07
GO:0042802    0.000494
GO:0005886    0.000494
GO:0044275    0.00729
GO:0003872    0.00729
GO:0008443    0.00917
GO:0016052    0.00979
GO:0044262    0.00979
GO:0006096    0.00979

<<Обратно на четвертый семестр
<<Обратно на главную страницу