Занятие 6

  1. Исследование доменной структуры конкретного белка

    1. Опиcание доменной структуры белка по данным Pfam

      2. Я открыла главную страничку БД Pfam. По идентификатору UniProt заданного белка (DEGP_ECOLI) нашла описание его доменной организации.

      Доменная структура белка DEGP_ECOLI по данным Pfam
      Cхема из Pfam:
      Пояснения к схеме
      № Pfam AC Pfam ID Полное название семейства домена Положение в последовательности белка DEGP_ECOLI Клан
      1. TrypsinPF00089Полное название отсутствует. Нет описания в базе данных Pfam. Протеолитический фермент, который использует серин в своей каталитической активности, найденный в вирусах, бактериях и эукариотах.87-277Принадлежит клану Peptidase_PA (CL0124), содержащему 21 семейство доменов, из них 2 с неизвестной функцией (PFAM ID начинается с DUF)
      2. PF00595 PDZ PDZ домены, найденные в различных сигнальных белках. 279-368 Клан не указан
      3. PF00595PDZPDZ домены, найденные в различных сигнальных белках. 385-463Клан не указан

    2. Экспорт в формате msf

      3. Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена моего белка: файл.

    3. Сравнение описания доменной структуры в Pfam с описанием в других БД

      4. Я зашла на главную страничку БД InterPro.
      По идентификатору UniProt белка DEGP_ECOLI нашла описание всех подписей (signatures) ,
      интегрированных в InterPro, т.е. имеющих InterPro ID.
      Я нашла 12 подписей, но только 8 из них интегрированы.

      Подпись, которая, на мой взгляд, наиболее отличается от подписей PFAM:
      PROTEASES2C


      Название БД: PRINTS
      InterPro ID: IPR001940
      Как видно из картинки, подпись находит мотив из 6 фрагментов.

    4. Сопоставление доменной структуры с 3D структурой заданного белка

      5. Мне необходимо получить изображение 3D-структуры заданного белка, в которой цветом выделены отдельные домены в последовательности.

      JMol на сайте Pfam не дает возможности экспортировать картинку, и нужной картинки не оказалось среди готовых. Результаты поисков можно просмотреть здесь.

      Розовым цветом выделен домен PDZ (PF00595), зеленым - Trypsin (PF00089), синим - Porin_1 (PF00267).

      Я рассмотрела изображение и попробовала ответить на следующие вопросы:

      • Соответствуют ли домены Pfam отдельным компактным частям структуры (структурным доменам), или нет?

        • Ответ: Не все домены соответствуют полностью структурным доменам.

      • Если домен Pfam попадает на отдельный структурный домен, то насколько полно такое совпадение?

        • Ответ: В некоторых случаях домен попадает на отдельный структурный домен, в таком случае совпадение полное.

    5. Исследование эволюции отдельных доменов

      1. Описание того, как часто и в каких организмах встречаются домены заданного белка

        2. Белки с доменом PDZ (PF00595) встречаются в организмах 1009 видов.

        Белки с доменом Trypsin (PF00089) встречаются в организмах 1519 видов.

        PF00595

        Представленность домена PF00595 в организмах разных видов
        Таксон
        Количество белков с доменом PF00595.
        Эукариоты
        Зеленые растения
        113
        Грибы
        256
        Животные
        3577
        Остальные эукариоты
        181
        Бактерии
        5951
        Археи
        54

        Из данной таблицы можно сделать вывод, что изучаемый домен хорошо распространен в разных организмах.

      2. Количество разных белков Escherichia coli K12 , в которых встречаются домены, представленные в заданном белке

        3. Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)

        № PFAM ID Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
        1.
        Trypsin
        4
        2.
        PDZ
        5

        Домен PDZ связывает или карбоксильную терминальную последовательность ДНК или внутрипептидные последовательности. А домен Trypsin - протеолитический фермент, который использует серин в своей каталитической активности, найденный в вирусах, бактериях и эукариотах.

      3. Примеры разных доменных перестроек

        4. Домен PF00595 (PDZ) встречается в сочетании с разными доменами, встречается на N-конце последовательности, или в середине последовательности.

        CAKI_DROME:

        LDB3_HUMAN :

        Домен Trypsin (PF00089) также встречается в сочетании с разными доменами, может быть как на N-, так и на С-конце последовательности; может встречаться один или несколько раз в одном белке.

        ST14_HUMAN:

        Q1DBS1_MYXXD:

        Q9W1Q9_DROME:


     


    <<Обратно на четвертый семестр
    <<Обратно на главную страницу

    ©Лелекова Мария,2010