Моделирование эволюции гена pyrF.
Скобочная структура.
((A:80,B:80):20,(((C:20,D:20):10,E:30):80, F:80):10);
С помощью программы msbar пакета Emboss был осуществлен процесс
мутирования гена PyrF. На основании этой скобочной структуры было построено ультраметрическое
дерево. В корне дерева располагвется ген Pyr, названный нами AAA. Листьями в представленном дереве являются "результирующие"
последовательности A, B, C, D, E, F. В узлах BBB, CCC, DDD, EEE находяться одноименные "переходные" последовательности. У соответствующих
ветвей указаны расстояния, пересчитанные на длину гена PyrF, составляющую 738 неклеотидов, с коэффициентом
пропорциональности 7.
Дерево событий.
С помощью программы msbar пакета Emboss на основании пересчитанных расстояний
был осуществлен
процесс мутирования гена PyrF. В результате мы получили
10 мутантных последовательностей, 4 из которых
представляют собой "переходные", а 6 - "результирующие" последовательности. Ниже представлен скрипт,
позволяющий с помощью программы msbar получить мутировавшие последовательности.
Скрипт для пргараммы msbar.
msbar AAA.fasta BBB.fasta -point 4 -count 140 -auto;
msbar AAA.fasta EEE.fasta -point 4 -count 70 -auto;
msbar BBB.fasta A.fasta -point 4 -count 560 -auto;
msbar BBB.fasta B.fasta -point 4 -count 560 -auto;
msbar EEE.fasta DDD.fasta -point 4 -count 560 -auto;
msbar EEE.fasta F.fasta -point 4 -count 560 -auto;
msbar DDD.fasta CCC.fasta -point 4 -count 70 -auto;
msbar DDD.fasta E.fasta -point 4 -count 210 -auto;
msbar CCC.fasta C.fasta -point 4 -count 140 -auto;
msbar CCC.fasta D.fasta -point 4 -count 140 -auto;
Главная страница