Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены

Для димера пуринового репрессора 1BDH создадим изображения:

а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера:


б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт:


в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали:

Пользуясь сервисом PROTORP, найдем площадь контакта мономеров белка 1BDH.
Загрузим наш файл (Option 3 в PROTORP), получаем: (результат)



площадь контакта мономеров белка: 2512.55 квадратных ангстрем;
из них гидрофобные взаимодействия составляют: 44.45%

Пользуясь сервисом CluD, определим гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров того же белка объёмом не менее 10 атомов.
На выходе получаем файл Clust.txt. Обнаружено 14 гидрофобных ядер объемом не менее 10 атомов. Создадим то же изображение, что в упр. 1а, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена цветом. Для этого создадим из этой таблицы скрипт для PyMOL, окрашивающий каждый атом гидрофобного кластера в нужный цвет.от, что получилось:

На сервисе pDomains определим доменную структуру:

а) цепи белка 1HRU:



Теперь посмотрим выдачу:



Как мы видим, большинство методов показали, что в данной цепи 1 домен, поэтому разберем что-нибудь более интересное.

б) одной из цепей белка 1BDH:



Проанализируем выдачи разных методов:



На мой взгляд, выдачи методов CATH, NCBI и PUU можно считать наиболее адекватными. Вот как то выглядит:

CATH:



NCBI:



PUU:



Серым обозначены участки, которые невошли ни в один домен. Как мы видим, все эти медоты нашли по 3 домена, примерно одинаковых.