Поисковые системы SRS, MRS и UniProt



Сравнение поисковых систем SRS, MRS и UniProt:

SRS: Удобный и понятный поиск. Очень удобное описание белка: все описание разделено по группам и в каждой достаточно понятная характеристика. Хотелось бы отметить поле "Features": оригинальное и наглядное описание, представленно в виде шкалы с индивидуальными характеристиками белка.

MRS: Краткая и локаничная характеристика без каких-либо излишеств. Однако, не очень понятное поле "Cross-references" и, сравнивая с поисковой системой SRS, поле "Features" неудобно. Тем не менее, описание статей дано очень подробно. Неудобство заключается и в том, что нет перемещения по странице, как в SRS и UniProt.

UniProt: На мой взгляд, самое подробное и ясное описание. Удобно разделение на блоки, и, так же как и в SRS, оригинальное поле "Features". Поле "Sequence" также представлено очень понятно (пронумеровано по десяткам).


Пользуясь возможностями, предоставляемыми поисковой системой SRS, представим список таксонов, начинающихся на "gam": "gambusia"-1, "gammaherpesvirinae" - 191, "gammapapillomavirus" - 30, "gammaproteobacteria" - 83827, "gammaretrovirus" - 116, "gammaridea" - 1.
("Gammaproteobacteria" - английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерия")


Теперь пропробуем составить несколько запросов к банку SwissProt, призванных найти белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией белка RimN_Ecoli:

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
Putative ribosome maturation factor rimN
(((((([swissprot-Description:Putative*] & [swissprot-Description:ribosome*]) & [swissprot-Description:maturation*]) & [swissprot-Description:factor*]) & [swissprot-Description:rimN*]) | [swissprot-Description:Putative ribosome maturation factor rimN*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])
142
Putative ribosome maturation factor yrdC
(((((([swissprot-AllText:Putative*] & [swissprot-AllText:ribosome*]) & [swissprot-AllText:maturation*]) & [swissprot-AllText:factor*]) & [swissprot-AllText:yrdC*]) | [swissprot-AllText:Putative ribosome maturation factor yrdC *]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])
142
yrdC
([swissprot-AllText:yrdC*] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])
149
rimn
([swissprot-AllText:rimn*] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])
142
yrdC
([swissprot-GeneName: yrdC*] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])
0


Пользуясь результатами первого поиска, представлю последовательности этих белков:


© Азнаурян 2008 marina-91@list.ru