Электронная плотность

В записи 2B5A.pdb глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей - по одной конформации. Создадим изображение, на котором будут видны обе конформации глутамина 21 цепи C и поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этого остатка. Для этого загрузим PDB-файл, а затем, той же командой load, файл с электронной плотностью:

load 1x01.pdb, 1x01_coo
load 1x01.omap, 1x01_map

Теперь можно визуализировать электронную плотность вокруг заданного ммножества командами isomesh или isodot, например:

isomesh new_map, 1x01_map, 1.5, resi 15-17, 2.5

"new_map" - имя нового объекта с изображением поверхности;
"1x01_map" - имя объекта с электронной плотностью;
"1.5" - уровень (значение электронной плотности на изображаемой поверхности в электронах на A);
Последний (необязательный) аргумент - так называемый "buffer". Если его не задать, то будет изображена электронная плотность в наименьшем параллелепипеде (со сторонами, параллельными координатным осям), в который помещаются центры атомов данного множества. Если же задать ему значение, скажем, 2.5, то этот параллелепипед будет расширен на 2.5 ангстрема в каждую сторону.

Глутамин 21 цепи С записи 2B5A.pdb:

Создадим аналогичное изображение для того же остатка любой из трёх других цепей.

Глутамин 21 цепи А записи 2B5A.pdb:

Для одного из больших аминокислотных остатков 1HRU создадим изображение, демонстрирующее электронную плотность вокруг проволочной модели этого остатка (большими будем считать остатки, имеющие более четырёх тяжёлых атомов в боковой цепи).

Триптофан 89 цепи А записи 1HRU.pdb:

Триптофан 89 цепи А записи 1HRU.pdb (используя команду isodot):