Создание паттерна по выравниванию семейства белков
1. Нахождение в банке Prosite паттерна одного из рибосомальных белков бактерий
По полученному белку RL3_BACSU в банке Prosite был найден один паттерн P42920 (RL3_BACSU):
[FL]-x(6)-[DN]-x(2)-[AGS]-x-[ST]-x-G-[KRH]-G-x(2)-G-x(3)-R
К сожалению, профилей не нашлось.
Рибосомный белок L3 - один из белков большой субчастицы рибосомы.
В Кишечной палочке L3, как известно, связывается с 23 рРНК и может участвовать в формировании
пептидилтрансферазного центра рибосомы.
L3 состоит из 209 а.о.
Ложные находки отсутствуют.
Количество ненайденных последовательностей: 73
Точность: 100.00%
Чувствительность: 91.53%
2. Создание паттерна для поиска белков подсемейства
Были созданы две выборки белков данного семейства:
Firmicutes: RL3_BACAN, RL3_BACSU, RL3_CLOB1, RL3_ENTFA, RL3_FINM2, RL3_GEOKA, RL3_LACAC;
Контроль: RL3_ZYMMO, RL3_YERPY, RL3_YERPS, RL3_YERPP, RL3_YERPN, RL3_YERPG, RL3_YERPE;
Были выровнены выбранные белки (обе группы).
В GeneDoc группа Firmicutes выделена жёлтым, контрольная группа выделена зелёным.
Паттерн, найденный Prosite, выделен жёлтым. По нему было найдено 143 последовательности.
Был создан новый паттерн для другого участка (обозначен зелёным цветом):
[KR]-G-[KH]-G-X-Q-G-X-I-X-R-X(3)-{R}-R-G-P-[ME]
По нему было найдено 125 последовательностей (87%). 125/126 верных находок по всем бактериям.
Результаты приведены в Excel.
© Dzama Margarita, 2010-2011