1. Работа с записью 1KMY банка PDB
На сайте RCSB найдем PDB-файл записи 1KMY и сохраним
в файле 1KMY.pdb .
С помощью PyMOL получим изображение иона Fe2+ и остатков, которые связаны с ним координационными
связями. Это два гистидина, глутаминовая кислота и бифенил-2,3-диол:
2.1 Работа с записью 1GT0.
На сайте RCSB найдем PDB-файл записи 1GT0 и сохраним
в файле 1GT0.pdb .
Структура добавлена в банк PDB 9-го января 2002 годв (поле HEADER).
Разрешение структуры - 2.6 ангстрем (поле REMARK 2 RESOLUTION).
Посмотрим на аминокислотные остатки с 75 по 100 цепи С. Оказывается, что в данном файле отсутствуют
остатки с номера 78 по 96:
2.2 Работа с записью 1DLP
На сайте RCSB найдем PDB-файл записи 1DLP и сохраним
в файле 1DLP.pdb .
Структура добавлена в банк PDB 11-го декабря 1999 года (поле HEADER).
Разрешение структуры - 3.3 ангстрема (поле REMARK 2 RESOLUTION).
Посмотрим на остатки 136 цепи A и 167 цепи С.
Остаток под номером 136 цепи А - это аспарагин, oстаток под номером 167 цепи С - это аргинин:
На расстоянии до 3.5 ангстрем не нашлось лигандов, только другие аминокислотные остатки.
3. Создание скрипта для PyMOL
Скрипт для получения в графическом окне остатков 75-100 цепи С записи 1GT0:
cd H:\public_html\term5
load 1GT0.pdb
hide all
select bb, c/75-100/
show sticks, bb