Алгоритмы реконструкции деревьев

  1. Укоренение в среднюю точку

    2. Возьмем дерево, построенное ранее с помощью алгоритма Neighbor-joining. При помощи программы retree получим укорененное дерево:
    ((BRAJA:0.31251,AGRRK:0.31251):0.14965,(NEIMA:0.4267,(PSEAE:0.35374, (VIBCH:0.21503,(YERPE:0.0,YERPS:0.0):0.21503):0.1387):0.07297):0.03544);

    Дерево, построенное методом максимальной бережливости, укоренить нельзя, так как метод не предполагает существования молекулярных часов и не выдает длин ветвей.
    Дерево, построенное методом UPGMA, не имеет смысл укоренять, поскольку UPGMA выдает уже укорененное дерево.

  2. Использование аутгруппы

    3. В качестве аутгруппы был взят фактор элонгации трансляции Tf сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU). Эта последовательность была выравнена с исследуемыми при помощи muscle (файл с выравниванием: тут ). Данное выравнивание подадим на вход программе fprotpars . Затем с помощью программы retree укореним дерево в аутгруппу.
    Дерево, укорененное в аутгруппу:

  3. Бутстрэп

    4. Для бутстрэп-анализа филогении исследуемых последовательностей было проведено следующее:
    1) созданы 100 бутстрэп-реплик выравнивания последовательностей программой fseqboot (выходной файл ts_out_boot.fseqboot );
    2) по полученным репликам программой fprotpars созданы деревья (выходной файл: ts_out_boot.fprotpars );
    3) из них создано единое дерево по принципу "расширенного большинства" при помощи программы fconsense (выходной файл: ts_out_boot.fconsense ).
    Полученное дерево выглядит так: 
                                          +------AGRRK 
                               +100.0-|            
                        +-99.0-|      +------BRAJA 
                        |      |                   
                 +100.0-|      +-------------NEIMA 
                 |      |                          
          +100.0-|      +--------------------PSEAE 
          |      |                                 
   +------|      +---------------------------VIBCH 
   |      |                                        
   |      +----------------------------------YERPE 
   |                                               
   +-----------------------------------------YERPS
    Ветви, не получившие большиснтва:
    файл содержит только одну ветвь (BRAJA,AGRRK,PSEAE) против (YERPS,YERPE,VIBCH,NEIMA) с поддержкой 1.00.
    Полученное дерево совпадает с правильным.