1. Определение положения фрагмента в полной последовательности
В GeneDoc я импортировал файл fullANDpart.fasta , содержащий последовательности фрагмента и всей полипептидной цепи белка.Исследуемы фрагмент последовательности белка:
EVNPILERAMDRILILHADHEQNA
Импортировав полную последовательность белка, я двигал фрагмент последовательности белка, пока не добился полного совпадения букв. Первый аминокислотный остаток фрагмента соответствует 211му а/к остатку полной последовательности белка, последний - 234-му остатку.
Заданный фрагмент соответствует позициям 211-234 в полной последовательности белка CISY_ECOLI.
Выравнивание было сохранено в файле alignment1.msf.
Затем была получена картинка с выравниванием. Она сохранена в файле aln1.gif:
2. Построение "наилучшего" выравнивания вручную
Я сделал выравнивание в GeneDoc 2х заданных коротких последовательностей, сохранённых в файле shortseqs.fasta. Вес выравнивания я оценил по формуле:W = M - nG,
где M - число совпавших букв, G - штраф за пропуск (равен 2), n - общее число пропусков.
После выравнивания (сохраненного в файле alignment2.msf) была получена картинка (сохраненная в файле aln2.gif):
1)Длина обеих последовательностей - 24 а/к остатка.
2)Вес выравнивания= 10-2*2=6
3)Длина выравнивания - 29
4)Процент идентичности выровненных последовательностей(отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, умноженное на 100):(10/29)*100=34.48%
3. Поиск первой с N-конца выравнивания "близкородственной" замены а.о.
Для выполнения этого задания я воспользовался матрицей весов замен аминокислотных остатков BLOSUM62. Будем считать "близкородственными" заменами те, для которых значение элемента матрицы положительно. Тогда, как видно из выравнивания, первая "близкородственная" замена аминокислотных остатков встречается на второй позиции выравнивания. Это замена V на I (соответственно валин на изолейцин). Вес такой замены равен 4.Такой большой вес можно объяснить сходством этих аминокислот. Остаток изолейцина на один атом углерода "длиннее" остатка валина. Обе кислоты неполярные и гидрофобные.
Назад