Занятие 2. Поисковые системы

1. Сравнение поисковых систем SRS, MRS и Uniprot

MRS отличается удобным дизайном, информация о белке разбита по блокам, что облегчает поиск нужных полей записи (например, поля Protein name, Gene names, Namе, Synonyms, Тaxonomy, Keywords выделены в отдельную группу "Name and origin of the protein") Вместо двухбуквенного обозначения полей мы видим слова целиком, например Keywords вместо KW Поле Features в виде таблицы SRS похож на MRS, но запись о структуре белка дана цельным текстом. Названия полей - классическое двухбуквенное обозначение. Плюс присутствует возможность просмотреть архив записей.
В Uniprot очень удобно графическое изображение вторичной структуры. Ещё очень порадовали всплывающие подсказки.

2. Гамма-протеобактерии

1) В SRS на странице с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt на "gam" начинаются названия следующих таксонов:
gambusia
gammaherpesvirinae
gammapapillomavirus
gammaproteobacteria
gammaretrovirus
gammaridea
2) gammaproteobacteria - английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерия"
3) в банке SwissProt 83513 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий

3. Поиск в SRS белков с функцией, сходной с CISY_ECOLI

Запросы

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
 Citrate synthase
  ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (([swissprot-Description:Citrate*] & [swissprot-Description:synthase*]) | [swissprot-Description:Citrate synthase*]))
 9
Belongs to the citrate synthase family
 ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((((([swissprot-AllText:Belongs*] & [swissprot-AllText:to*]) & [swissprot-AllText:the*]) & [swissprot-AllText:citrate*]) & [swissprot-AllText:synthase*]) & [swissprot-AllText:family*]) | [swissprot-AllText:Belongs to the citrate synthase family*] ))
 38
Allosterically inhibited by NADH
 ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((([swissprot-AllText:Allosterically*] & [swissprot-AllText:inhibited*]) & [swissprot-AllText:by*]) & [swissprot-AllText:NADH*]) | [swissprot-AllText:Allosterically inhibited by NADH*]))
 4

Посмотреть результаты первого запроса

 Назад