PSI-BLAST

Поиск гомологов с использованием позиционно-специфичной матрицы в PSI-BLAST ( http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ), по базе данных Swiss-Prot

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5, не сходится	126	0.004 (MINC_BACP2)	0.005 (MINC_LISIN)	239	0.003 (ADH1_GEOKN)	0.007 (SYFA_METJA)
SSRP_ECOLI	P0A832	2, сходится	449	3e-10 (SSRP_MYCS5)	5.0 (RS9_VIBVU)	449	8e-31 (SSRP_MYCS5)	0.62 (HMH2_DUGTI)
NUSB_ECOLI	P0A780	4, сходится	327	0.003 (RSMB_SYNY3)	0.008 (NUSB_RICBR)	388	2e-12 (RSMB_COXBU)	0.031 (SYL_METKA)
CISY_ECOLI	P0ABH7	3, сходиться	110	0.001 (ACLY_BOVIN)	0.099 (HEMH_RICPR)	114	4e-3 (ACL1_SCHPO)	1.3 (PYRG_SULTO)

На каждой итерации PSI-BLAST создает новую матрицу (позиционно-специфичную) для подсчета веса выравнивания, следущее выравнивание делает по этой матрице, первое же выравнивание - по стандартной (усредненной) матрице BLOSUM62. При этом E-value лучшей находки увеличивается от итерации к итерации (например для P18196 E-value менялся от 1 к 5 итерации: 4e-134, 2e-92, 2e-82, 4e-79, 2e-77), для первой итерации лучшая находка соответсвует заданному белку, однако затем меньшее E-value может набирать другой белок, (например для P0A780: на первой итерации E-value P0A780 - 5e-76, а на 5 итерации - 7е-48, в то время как найденный Q9HWX6 - 3e-50, имевший на первой итерации 7e-37).

Сходимость последовательностей

Если изменить порог с 0.005 до 0.001 для P18196, то поиск сходится на 3-ей итерации. Возможно, это связано с появлением на 3й итерации со стандартным порогом белка P39450, "размывавшего" выборку. При понижении порога этот белок не включался в список, и итерации сошлись довольно быстро.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	3	120	9x10-4 (MINC_PROMP)	0.001 (MINC_SYNY3)	147	7x10-10 (MINC_HELPJ)	0.011 (SECA_ANADF)

назад