Создание паттернов аминокислотных последовательностей
Выравнивание белка CISY_ECOLI с гомологами
Возьмем фрагмент выравнивания 245-259 (соответсвует 189-204 а.о.белка CISY_ECOLI)
- Первый паттерн в точности является фрагментом последовательности белка CISY_ECOLI
- Второй ("сильный") паттерн распознает все белки выборки.
- Третий ("слабый") паттерн создан на основе второго, требования к последовательности более мягкие.
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | R-N-D-L-S-Y-A-G-N-F-L-N-M-M-F-S | В 3 (P0ABH8, P0ABH7, O68883), во всех найденных белках мотив имеет координаты 189-204 а.о, белки относятся к одному семейству CISY | найден только мой белок |
| Сильный | X-[NDR]-[SPDN]-[DNKS]-[LAK]-[DS]-[WY]-[AGS]-[AKHSG]-N-[FL]-[AVSTL]-[KNSHYR]-[ML]-[MILC]-X(2) | в 37 ( файл с результатами ) | найдены все 9 белков выравнивания |
| Слабый | X-[NDREQ]-[SPDNT]-[DNKSTE]-[LAKIRV]-[DSET]-[WYF]-[AGSVTLI]-[AKHSG]-[NQ]-[FLIVA]-[AVSTLI]-{AGVPM}-[MLI]-[MILCVA]-X(2) | в 40 ( файл с результатами ) | найдены все 9 белков выравнивания |
Самый сильный паттерн - последовательность белка, поскольку аминокислоты заданы однозначно, по нему найдены родственные CISY_ECOLI белки.
Сильный паттерн включает по каждой позиции соответсвующие аминокислоты белков выравнивания, по нему найдены белки из семейства CISY.
При создании слабого паттерна я добавил к аминокислотам сильного паттерна похожие по свойствам аминокислоты, так во второй позиции паттерна к аспарагиновой кислоте добавил глутаминовую, в пятой позиции - к лейцину - близкий по свойствам изолейцин. Кроме белков семейства CISY найден белок из семейства CARB.
Мотивы белка CISY_ECOLI (по данным БД PROSITE)
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? | координаты мотива |
| PS00480 | CITRATE_SYNTHASE | Цитрат-синтетаза | паттерн | GFGHrVy.KnyDPR | специфична | 1 | 303 - 315 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования (присоединения фосфата) казеин киназой 2 | паттерн | [ST] - x(2) - [DE] (фосфорилируются S или T) | неспецифична | 6 | 14 - 17, 58 - 61, 205 - 208, 322 - 325, 332 - 335, 414 - 417 |
| PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимой протеинкиназой | паттерн | [RK](2) - x - [ST] (фосфорилируются S или T) | неспецифична | 1 | 126-129 |
| PS00008 | MYRISTYL | сайт N-миристилирования (миристилирование - присоединения остатка миристиновой кислоты - насыщенной жирной кислоты (С14)) | паттерн | G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} (миристат присоеденяется к G) | неспецифична | 7 | 137 - 142, 140 - 145, 196 - 201, 243 - 248, 267 - 272, 374 - 379, 403 - 408 |
| PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | сайт N-гликозилирования | паттерн | N - {P} - [ST] - {P} (гликозилируется N] (P в фигурных скобках, т.к его присутсвтие в этих позициях ингибирует гликозилирование) ) | неспецифична | 2 | 233 - 236, 296 - 299 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования протеинкиназой C | паттерн | [ST] - x - [RK] (фосфорилируется ОН-группа S или T) | неспецифична | 3 | 238 - 240, 281 - 283, 298 - 300 |