EMBOSS

Работа в командной строке Linux. Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS.

Linux

1.
• Команда "ls" (Linux) показывает все что содержится в папке, в которой мы находимся.
• Команда "ls .." (Linux) показывает папки стоящие выше по дереву.
• Выполнение команды "cd ..", а затем "ls", приводит к тому, что мы переходим в вышестоящие директории,
а затем нам показывается содержание той директории, в которой мы находимся.
• При повторении пары команд предыдущего пункта, мы поднимались каждый раз на директорию выше,
пока не кончилось дерево.
2. Сделаем активной директорию Pr_5 (H:/Term_2/Practices/Pr_5). Создаем там файл cisy_ecoli.fasta с помощью команды seqret (EMBOSS), при команде more cisy_ecoli.fasta (Linux) появляется содержимое файла.
При команде entret (EMBOSS) … был создан файл cisy_ecoli.entret, при команде more… (Linux) можно просматривать полные данные о последовательности, enter перелистывает строчку, пробел - страницу.
3. Стрелки вверх/вниз показывают выполненные определенное число шагов назад команды; history (Linux) – список всех выполненных команд в течение сеанса

Глобальное оптимальное выравнивание

Задание выполняется с помощью программы needle пакета EMBOSS. Я сравнивал полные последовательности двух похожих белков: P0ABH7 и P39120
Выравнивание - здесь.

Выравнивая те же последовательности во второй раз, я выбрал другие параметры: штрафы за гэпы были удвоены: штраф за первый гэп в пропуске составил 20 против 10, положенных по умолчанию, штраф за последующий гэп составил 1 против 0.5, положенных по умолчанию. Выравнивание изменилось. Результаты - здесь.

Частичное (локальное) оптимальное выравнивание

На этот раз пользуемся программой water. Аналогично - первое выравнивание с параметрами по умолчанию

второе - с удвоеными параметрами

Сравнение полученных выравнивания

Мы получили несколько разных выравнивания для двух последовательностей.
Сравнение выравниваний — это не только и не столько сравнение количественных параметров выравниваний, сколько выяснение того, насколько одинаково сопоставление остатков одной последовательности остаткам второй.
Ответим на вопросы, предложенные в задании.

есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
-Да, в первом выравнивании 130 позиции белка CISY_ECOLI (аминокислота - H) соответствует 89 позиция белка CISY2_BACSU. Два фрагмента последовательности выровнены с использованием гэпов, во втором случае, так как штрафы за гэпы возросли, и выравнивание этих участков оказалось невыгодным.
Выравнивание с параметрами по умолчанию:

Выравнивание с удвоенными штрафами за гэпы:
есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
-Да
Выравнивание с параметрами по умолчанию:
```
          51                                             100
CISY_ECOLI  PTQEQYDEFKTTVTRHTMIHEQITRLFHAFRRDS.HPMAVM...CGITGA
CISY2_BACSU PNKKELEELKQQLAKEAAVPQEIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGL
```
Выравнивание с удвоенными штрафами за гэпы:
```
 
           51                                             100
CISY_ECOLI  QITRLFHAFRRDSHPMAVMCGITGALAAFYHDSLDVNNPRHREIAAFRLL
CISY2_BACSU EIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGLLDSEADTMNPEANYRKAIRLQ
```
есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
-Да. В локальном выравнивании в этой же позиции наблюдается тоже самое (см. следующий вопрос)
Выравнивание с параметрами по умолчанию:
```
           101                                            150
CISY_ECOLI  YDEFKTTVTRHTMIHEQITRLFHAFRRDS.HPMAVM...CGITGALAAFY
CISY2_BACSU LEELKQQLAKEAAVPQEIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGLL....
```
Выравнивание с удвоенными штрафами за гэпы:
```
 
           101                                            150
CISY_ECOLI  YDEFKTTVTRHTMIHEQITRLFHAFRRDSHPMAVMCGITGALAAFYHDSL
CISY2_BACSU LEELKQQLAKEAAVPQEIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGLLDSEA
```
есть ли хотя бы один пример того, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
-Да, в первом локальном выравнивании против аланина в 97 позиции белка CISY_ECOLI мы видим гэп. Во втором выравнивании (там, где штрафы за гэпы удвоены) против этой же позиции стоит лейцин.
```
Выравнивание с параметрами по умолчанию:
           101                                            150
CISY_ECOLI  LAAFYHDS.LDVNNPRHREIAAFRLLSKMPTMAAMCYKYSIGQPFVYPRN
CISY2_BACSU L.....DSEADTMNPEANYRKAIRLQAKVPGLVAAFSRIRKGLEPVEPRE
```
Выравнивание с удвоенными штрафами за гэпы:
```
 
           51                                             100
CISY_ECOLI  QITRLFHAFRRDSHPMAVMCGITGALAAFYHDSLDVNNPRHREIAAFRLL
CISY2_BACSU EIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGLLDSEADTMNPEANYRKAIRLQ
```
соответствуют ли оптимальные локальные выравнивания, построенными с использованием разных параметров, одним и тем же фрагментам последовательностей?
-Нет, фрагмент выравнивания с обычными параметрами длиннее фрагмента, выданного water c удвоенным весом на 29 остатков в начале.
```
 
        1                                               
CISY_ECOLI  LLHRGFPIDQLATDSNYLEVCYILLNGEK
CISY2_BACSU LTYVGYDIDDLTENASFEEIIYLLWHLRL
```
совпадают ли локальные выравнивания с соответствующими частями глобальных выравниваний?
-Для обычных параметров - нет:
Участок глобального выравнивания:
,
Участок локального выравнивания:
,
В обведенном участке последовательности выровнены по-разному для разных параметров.

-Для удвоенных - да.
Назад