Биологический смысл выравнивания последовательностей белков.

  1. Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков

    2. Мне было выдано пространственное наложение структур двух белков, а также последовательности этих белков в fasta формате. Вот пространственное наложение структур:
    Обе цепи похожи, общую картину портят "хвосты" обоих цепей, выходящие за пределы наложения. и некоторые участки, в которых цепи прилегают друг к другу неплотно. Очевидно что для хорошего выравнивания нужно сдвинуть первую цепь (синего цвета) относительно второй.

    Затем я вручную выровнял эти последовательности в GeneDoc:

    ссылка на файл в формате msf

  2. Построение выравнивания этих же последовательностей программой needle

    3. Для тех же последовательностей я провёл глобальное выравнивание; оно ничем не отличается от моего:



    А это значит, что такой вариант выравнивания - наилучший. Лишний раз убедиться в этом помогает картинка. Вот ссылка на второе выравнивание в формате msf
    Назад