Создание паттернов аминокислотных последовательностей

1. Изображение выбраннного фрагмента выравнивания.
   Фрагмент находится меджу двумя зелеными линиями. Его длина - 13 а.о. Число консервативных остатков - 6. В участке присутствуют гэпы в IDH_HELPY и IDH_AQUAE.
   
   
   
   
   
   
   
   
   

   Создание паттернов аминокислотных последовательностей.

   Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
   Фрагмент последовательности	L-R-P-V-R-Y-F-T-G-V-P-S-P	2	Нет, не все: ссылка
   Сильный	[LQV] - R - P - [CV] - [YRQ] - [WY] - [MYF] - X(0,1) - G - [QTYS] - [AP] - [TS] - P	6	Нет, не все: ссылка
   Слабый	[LIQV]-R-P-[CVA]-[YRQL]-[WY]-[MYF]-X(0,1)-X- [QTYS]-[AVP]-[TS]-P	6	Нет, не все: сслыка

   Результаты по сильному и слабому паттерну не отличаются. Находится одинаковое количество последовательностей. Возможно, данные фрагменты являются консервативными и определяющими функционирование белка.

2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке IDH_BACSU.

   Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
   PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеинкиназы	паттерн	[ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site]	специфична	4
   PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимой киназы	паттерн	[RK](2) - x - [ST]	специфична	1
   PS00005	PKC_PHOSPHO_SIT	Сайт фосфорилирования протеинкиназы С	паттерн	[ST] - x - [RK]	специфична	2
   PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Сайт N-гликозилирования	паттерн	N - {P} - [ST] - {P}	специфична	1
   PS00008	MYRISTYL	сайт N-миристоилизации (ацилирование миристиновой жирной кислотой)	паттерн	G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P}	специфична	5
   PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилизации тирозинкиназы	паттерн	[RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y	специфична	1
   PS00009	AMIDATION	Cайт присоединения амидной группы	паттерн	x - G - [RK] - [RK]	специфична	1