Контакты в структуре белка.

Примеры разных контактов в молекуле белка IDH_Bacsu.

1. Пример гидрофобного контакта:
   На картинке изображен остаток Phe с наибольшим числом гидрофобных контактов в данном белке.
   
   
   
   
2. Примеры водородных связей между боковыми группами:
   
   -и донор, и акцептор водорода являются атомы кислорода
   
   На мой взгляд, донором водорода и электронной плотности здесь является кислород Thr, т.к. кислороду Glu "достался" углерод, часть электронной плотности которого уже "стянута" другим кислородом, также входящим в состав карбоксильной группы.
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   -и донор, и акцептор водорода являются атомы азота
   
   Я не нашла в моем белке связи N-H...:N, т.к. большинство азотов разных а.о. находятся на
   расстоянии >3,8 Å. Поэтому я привела пример связи N-H... :O.
   
3. Пример дисульфидного мостика:
   
   В моем белке, к сожалению, нет SS-мостиков, поэтому я показываю их на примере инсулина, у которого их 6.