1.Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа
Этапы работы:
1. Программой fseqboot создали 100 бутстреп-реплик выравнивания:
fseqboot listya.fasta -auto выходной файл - listya.fseqboot
2. Полученные 100 выравниваний поданы на вход программе fdnaml.
В выходном файле listya.treefile оказалось 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.
3. Программа fconsense. Результат бутстреп-анализа искусственных мутантов KPYK1_ECOLI в виде дерева:
+------b
+-91.0-|
+-54.0-| +------c
| |
+------| +-------------a
| |
| | +------d
| +--------73.0-|
| +------e
|
+---------------------------f
Консенсусное дерево по топологии совпало с реальным деревом судя по
сравнению описания её топологии: с описанием топологии реального дерева:
A B C D E F A B C D E F
. . . * * . . . . * * .
. . . * * * . . . * * *
* . . * * * * . . * * *
2. Изображение филогенетического дерева в графическом формате
С помощью программы fdrawtree было построено изображение дерево. Источником для построения
служила скобочная формула (А:110,((B:20,C:20):20,((D:20,E:20):5,F:25):15):60).
Невооруженным глазом видно, что расстояния ветвей соответствуют таковым в скобочной формуле.
Корень дерева программа не выделяет.
Вывод:
Программа fconsense, судя по бутстреп-значениям в выдаче, достоверно
находит ветвь bc и хорошо - ветвь de. Ветвь abc находится с вероятностью около 1/2.
© Лукин Сергей